1895년(고종 32)에 탁지부에 속하여 조세 및 기타 세입의 징수에 관계되는 사무를 맡았는데, 징세서가 실무를 맡은 데 반하여, 관세사는 징세서에 대한 감독관청으로서의 기능을 맡았다.
책임자는 관세사장(管稅司長)으로 주임관(奏任官)이었으며, 그 밑에 관세주사(管稅主事)를 두었다. 설치 당시 전국 관세사장은 모두 9인이었다. 관세사는 1895년 3월 26일에 발표된 칙령 「관세사급징세서관제(管稅司及徵稅署官制)」에 의하여 4월 1일 설치되었다. 오래 존속하지 못하고 같은해 9월 법령에 의해 그 업무가 중지되었다.