1908년 7월 경성감옥으로 문을 연 이래, 1912년 서대문감옥, 1923년 서대문형무소로 불렸다. 해방 후에는 1946년 경성형무소, 1950년 서울형무소, 1961년 서울교도소, 1967년 서울구치소로 그 이름이 여러 차례 바뀌었다.
1987년 서울구치소가 경기도 의왕시로 이전함에 따라 1988년 2월 이곳은 사적으로 지정되었다. 이에 따라 해방 후에 지은 건물은 대부분 철거되었으며, 일제강점기 독립운동가들이 주로 수감되었던 일부 옥사와 사형장, 그리고 보안과 청사 및 병사(病舍) 등 모두 11개 동이 남게 되었다.
옥사는 모두 15개 동이었으나 보존가치가 있는 제9·10·11·12·13옥사와 중앙사 등 6개 동만 보존하였다. 특히 제9옥사는 1929년, 수감 중이었던 독립운동가들을 강제로 동원해 벽돌을 굽고, 이를 쌓아 지은 것으로 전해진다.
사형장은 50㎡의 일본식 건물로, 내부에는 사형 집행에 쓰였던 기구들이 남아있다. 1923년 축조된 청사 보안과는 감방을 관장하던 곳으로, 현재 전시실로 쓰이고 있다.
한편 1916년 지어진, 일명 ‘유관순 굴’이라고 하는 지하 체벌방이 발굴, 보존되어 있고, 사형장 후문을 통해 공동묘지까지 연결되는 약 40m의 지하통로 역시 발굴, 복원되었다.
1988년 2월 사적으로 지정되었으며, 1992년 8월 15일 구 서울구치소와 인근의 독립문(사적, 1963년 지정)을 포함한 약 3만여 평이 서대문 독립공원으로 조성되었다.