기유년에 썼기 때문에 ‘기유의서’라 한다. 편지의 내용은 “남인 윤휴(尹鑴)와 허적(許積)을 참적(讒賊 : 남을 헐뜯는 나쁜 무리)이라 단정할 수 있겠는가.”라는 것으로 송시열의 남인에 대한 가혹한 처사를 충고한 서한이다.
1660년 제1차 예송(禮訟)으로 송시열과 윤휴 사이에 논쟁이 일어났다. 윤휴는 일찍이 경전의 주해(註解)에 주희(朱熹)의 설을 배척하고 독자적 견해를 문인들에게 가르쳐, 송시열 일파와는 당론의 차이뿐만 아니라 학문적 입장에서도 서로 반대되는 견해를 가지고 있었다.
이에 송시열은 윤휴를 사문난적(斯文亂賊)이라 배척하고 윤선거에게 교제를 끊을 것을 종용하였으나, 그는 중립적인 태도를 취하여 송시열의 뜻에 따르지 않고 죽기 전에 편지를 쓴 것이다. 윤선거의 아들 증(拯)은 1673년 송시열에게 그의 아버지의 묘갈을 지어줄 것을 청하면서 박세채(朴世采)가 찬한 행장과 함께 이 편지를 동봉하여 보냈다.
그런데 송시열은 이 서한을 받아보고 “윤선거는 역시 윤휴의 당인(黨人)이다.”라고 생각하여 고인에 대한 칭송은 박세채의 행장에 의거한다고 하면서 야유하는 내용의 글을 지어주었다.
이에 윤증은 여러번 묘갈문의 내용에 대한 개정을 요청하였으나, 송시열은 약간의 자구만을 수정하였을 뿐 그 내용의 개정에 끝내 응하지 않았다. 이를 계기로 송시열과 윤증의 사이는 더욱 악화되어 노소분당의 한 원인이 되었다.