본관은 선산(善山). 자는 의백(宜伯), 호는 곤륙재(困六齋). 김수현(金秀賢)의 증손으로, 할아버지는 김덕유(金德裕)이고, 아버지는 현령 김홍우(金弘遇)이며, 어머니는 윤은좌(尹殷佐)의 딸이다. 형이 김효원(金孝元)이다.
1588년(선조 21) 진사시에 1등으로 합격하고, 1591년 식년 문과에 병과로 급제하여 검열이 되었다. 이듬해 임진왜란이 일어나자 임금을 호종하였고, 1593년 지제교(知製敎)가 되었다. 1594년 전라도도사(全羅道都事)가 된 뒤 세자시강원사서(世子侍講院司書)를 거쳐 황해도어사로 나아가 군선(軍船)의 실태를 조사하였고, 이듬해 지평(持平)이 되었다.
1597년 이조좌랑을 거쳐 장령(掌令)·직강(直講)·이조정랑·교리(校理)·보덕(輔德)·악정(樂正)·대사간 등을 역임하였다. 특히 서예에 능하였으며, 저서로는 『곤륙재집(困六齋集)』이 있다.