11권 6책. 목판본. 그의 저술은 상당히 많은 것으로 알려져 있으며, 일찍이 이광정(李光庭)과 권만(權萬)이 교감(校勘)하여 발간하려 하였으나, 1813년(순조 13) 화재로 인하여 대부분 소실되어 발간이 중단되었다. 그 뒤 1880년(고종 17)에 현손인 한응(漢膺)과 5대손 형(衡) 등이 유고를 모아 간행하였다. 이 문집은 9권 5책으로 된 『나은집』과 이에 속집(續集) 2권 1책을 합한 11권 6책의 『나은선생문집』의 두 종류가 있다. 권두에 1880년에 쓴 허전(許傳)의 서문이 있다. 규장각 도서와 국립중앙도서관 등에 있다.
권두에 목록이 있고, 권1·2에 시 251수, 권3에 소 17편, 차자(箚子) 1편, 계(啓) 1편, 전(箋) 8편, 권4에 서(書) 47편, 권5에 서(序) 1편, 기 3편, 잡저 8편, 권6에 상량문 2편, 축문 14편, 행록(行錄) 1편, 권7에는 부록으로 연보, 권8·9에는 타인이 쓴 행장·시장(諡狀)·묘지명·묘표·제문·만사·연설(筵說)·제현기문록(諸賢記聞錄), 속집에 시 48수, 서(書) 23편과 타인이 쓴 행장·만사·제문·봉안문·상향문(常享文) 등이 수록되어 있다.
소의 내용은 시정(時政)을 직간한 것이 많으며, 특히 1689년(숙종 15)의 기사환국 때 인현왕후(仁顯王后)의 폐출을 반대한 것이 있다. 기에는 금강산기행문인 「유금강산록(遊金剛山錄)」이 있다.
잡저에는 「의본조개국후청국호주(擬本朝開國後請國號奏)」와 「홍무정운주(洪武正韻奏)」 등이 있다. 부록 중 그의 행장은 대사간 이세택(李世澤)이 썼고, 영의정 채제공(蔡濟恭)이 쓴 신도비명이 수록되어 있다.