본관은 영양(英陽). 자는 백온(伯溫), 호는 묵산(默山). 영해 출신. 할아버지는 남필명(南弼明)이고, 아버지는 남국규(南國珪)이며, 어머니는 이정일(李廷一)의 딸이다.
1753년(영조 29) 소과에 합격한 뒤, 묵산재(默山齋)를 짓고 학문에만 전념하여 경학에 정통하였다.
그 뒤 1774년 증광 문과에 을과로 급제하여 승문원주서가 되고 장릉별검을 거쳐, 1786년(정조 10) 전적, 1788년 감찰을 역임하였다. 1795년 왕이 특별히 경학에 밝은 자를 찾자 영남에서 이만운(李萬運)과 함께 등정하여 이듬해 정언에 제수되었다.
그때 환곡의 폐단을 바르게 하기 위해서는 수령을 잘 선택하여야 하며, 「서명(西銘)」이 임금의 도에 가장 절실한 것이니 이황(李滉)이 그것을 도표로 그려 선조에게 바친 것과 같이 가법(家法)으로 삼을 것이며, 또한 천주교를 탄압하자는 등 시폐에 대한 상소를 올렸다.
그러나 이를 싫어하는 대신(臺臣) 이태현(李泰賢) 등의 탄핵을 받아 사직하고 고향으로 돌아갔다. 경학에 밝아 뜻과 행동과 문예가 잘 조화되어 있었고, 성력도수참동계납갑지법(星曆度數參同契納甲之法)에 통달하였다. 저서로는 『묵산집(默山集)』이 있다.