1945년 9월 15일 종로구 수송동 이선근(李先根) 소아과의원에서 이선근·조동수(趙東秀)·이병남(李炳南)·김영택(金榮澤)·박용래(朴容來)·김정윤(金正潤) 등 6명이 대한소아과학회 창립 발기인회를 결성하였다.
10월 6일 서울대학교 의과대학 부속병원에서 대한소아과학회 창립총회 개최하였다.
1948년 제1차 학술대회를 개최한 이래 1960년부터는 봄·가을로 봄에는 지방에서, 가을에는 서울에서 개최하여 왔다.
1958년 학술지 『소아과』를 계간으로 간행하여 1998년 현재 41권까지 발간하였다. 단행본으로는 『소아과최근진전』 1·2편과 『어린이건강수첩』·『육아수첩』·『예방접종지침』·『한국 소아의 정상치』 등을 발행하였다. 그밖에 개업의 및 수련의를 위한 연수강좌를 개최하고 있다.
회원자격은 소아과전문의자격증 소지자이며, 1998년 당시 회원 총수는 3,334명이었다. 학회 사무실은 서울특별시 서초구 서운로 19 서초월드오피스텔 1606호이다.
2019년 3월 대한소아과학회가 대한소아청소년과학회로 명칭을 변경하였다.