소아치과학의 향상발전과 회원 상호간의 친목도모를 목적으로 소아치과학 전공자와 학회의 취지에 찬동하는 치과의사들이 대한치과의학회 회칙에 의하여 1959년 7월 10일 서울대학교 치과대학에서 창립총회를 개최하고 회장에 차문호(車文豪), 부회장에 목영준, 총무에 김진태가 주축으로 참여하면서 설립되었다.
1967년 9월 30일에는 부산지부가 창립되었고, 1985년 10월 12일에는 광주지부, 1986년 10월 26일에는 대구지부가 창립되었다. 1981년 7월 15일에 국제소아치과학회(International Association of Dentistry for Children)에 정회원국으로 가입하였으며, 1996년에는 미국소아치과학회(American Academy of Pediatric Dentistry)의 정식 구성학회가 되었다.
1974년 12월 31일에는 ≪대한소아치과학회지≫가 창간되어 매년 1권씩 발행하다가 1989년부터 연 2회, 1996년부터는 연 4회 발행하여 1998년 현재까지 700여 편의 학술논문이 발표되었다. 1987년에는 소아치과학 교과서가 학회이름으로 초판이 발간되었으며, 1990년도에 개정판이 발간되었다.
1988년 5월 28일에는 첫번째 전공의 학술대회가 열렸으며 현재까지 21회의 전공의 학술대회가 열렸다. 1998년 현재 회원총수는 612명이다. 1997년부터 소아치과 전문의제도를 대신하여 소아치과 인정의 제도를 시행하여 현재까지 3차인정의까지 총443명이 배출되었다.