대한불교조계종 제15교구 본사인 통도사(通度寺)의 말사이다.
이 절은 46년(수로왕 5) 수로왕이 창건하였다는 전설이 전한다. 수로왕 때 가락국의 옥지(玉池)에서 살고 있던 독룡(毒龍)과 만어산에 살던 나찰녀(羅刹女)가 서로 사귀면서 뇌우(雷雨)와 우박을 내려 4년 동안 오곡이 결실을 맺지 못하게 하였다.
수로왕은 주술(呪術)로써 이 일을 금하려 하였으나 불가능하였으므로 예를 갖추고 인도 쪽을 향하여 부처를 청하였다. 부처가 신통으로 왕의 뜻을 알고 6비구와 1만의 천인(天人)들을 데리고 와서 독룡과 나찰녀의 항복을 받고 설법수계(說法授戒)하여 모든 재앙을 물리쳤다. 이를 기리기 위해서 수로왕이 절을 창건하였다고 한다.
또 다른 전설로는 옛날 동해 용왕의 아들이 수명이 다한 것을 알고 낙동강 건너에 있는 무척산(無隻山)의 신승(神僧)을 찾아가서 새로 살 곳을 마련해 줄 것을 부탁하였다. 신승은 가다가 멈추는 곳이 인연터라고 일러주었다.
왕자가 길을 떠나니 수많은 종류의 고기떼가 그의 뒤를 따랐는데, 머물러 쉰 곳이 이 절이었다. 그 뒤 용왕의 아들은 큰 미륵돌로 변하였고 수많은 고기들은 크고 작은 화석으로 굳어 버렸다고 한다.
현재 절의 미륵전(彌勒殿) 안에는 높이 5m 정도의 뾰족한 자연석이 있는데, 이것이 바로 용왕의 아들이 변해서 된 미륵바위라고 하며, 이 미륵바위에 기원하면 아기를 낳지 못한 여인이 득남을 할 수 있다고 한다.
미륵전 아래에는 무수한 돌무덤이 첩첩이 깔려 있는데, 이것은 고기들이 변해서 된 만어석(萬魚石)이라 하며, 두들기면 맑은 쇳소리가 나기 때문에 종석(鐘石)이라고도 한다.
창건 이후 신라시대에는 왕들이 불공을 올리는 장소로 이용되었고, 1180년(명종 10) 중창하였으며, 1506년(중종 1) 화일(化日)이 중건하였다. 이어서 1879년(고종 16)에 중건하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 이 절의 당우로는 대웅전 · 미륵전 · 삼성각(三聖閣) · 요사채 · 객사 등이 있다. 국가유산으로는 1968년 보물로 지정된 만어사 삼층석탑이 있다. 이 석탑은 1181년의 중창 때 건립한 것으로, 전체적으로 균형이 잘 잡히고 견고하게 정제된 탑이다. 또, 산 위에 있는 수곽(水廓)의 물줄기는 매우 풍부한데, 이곳은 부처가 가사를 씻던 곳이라고 전해 온다.