1924년 4월 26일 임진국민학교의 임시교사에서 문산공립농업학교로 개교하여 농업과 3학급, 원예과 3학급, 축산과 6학급, 보통과 6학급으로 편성하였다. 1944년 신교사로 이전하였으며, 1946년 7월 4년제 제1회 졸업생 45명을 배출하고 6년제로 개편되었다.
1954년 현재의 위치인 경기도 파주시 야동동에 교사를 신축하여 이전하고, 1955년 문산분교, 1960년 적성분교를 설치하였다가 1961년 문산분교는 임진고등학교의 병설중학교로, 1964년 적성분교는 적성중학교로 분리되었다.
1967년 보통과 3학급을 편성하면서 문산종합고등학교로 개편하였으며, 1976년 중학교와 분리되었다. 1992년 여학생 보통과 1학급을 증설하였고, 2004년 문산제일고등학교로 교명을 변경하였다.
2010년 현재 3개 과(보통과·관상원예과·산업유통정보과), 32학급에 총 1,140명의 남녀 학생이 재학하고 있다. 교직원은 총 87명이 재직하고 있고, 64회 졸업식을 통하여 총 1만 1,356명의 졸업생을 배출하였다.
교훈은 ‘성실’이다. ‘민주인, 기능인, 창조인, 건강인’의 육성을 교육목표로 해서 자기주도학습 능력 강화를 위한 신입생 바탕학습 프로그램 운영과 수월성 교육 강화를 특색사업으로 하고 있다.
매년 가을 개최되는 종합예술제를 겸한 추수감사제는 한 해 동안의 모든 교육활동에 대한 결실을 확인하고 근로의 기쁨을 감사하는 전통적인 행사로 이어져 오고 있다. 1988년부터 상설 공부방을 개설하여 운영하고 있으며, 1997년 8월 중국동북사범대학과 자매결연을 맺었다.