본관은 밀양(密陽). 아버지는 박후령(朴厚齡)이다.
무예로 인하여 사복시(司僕寺)에 임직하였으며, 1592년(선조 25) 임진왜란 때 아버지가 전사함에 다시 의병을 일으켜 복수장(復讎將)이 되어 당항포(唐項浦)에서 전공을 세워 훈련원주부(訓鍊院主簿)로 승진하였다.
1595년 판관으로 이순신(李舜臣)의 지휘 아래 명량싸움에 종군하였다가 부상을 당하여 죽게 되었다. 이순신이 유언을 묻자 돌아가신 아버지와 임종하는 날이 하루 차이이므로 5월 23일 같은 날에 전사한 것으로 부음을 전해달라는 부탁을 남겼다. 박인복의 충효정신이 여기에 잘 나타나 있다. 형조참판에 추증, 선무원종공신(宣武原從功臣)에 녹훈되었으며, 진도의 효충사(孝忠祠)에 제향되었다.