종5품아문(衙門)에 해당한다. 조선 초기 사직단을 두었다가 1426년(세종 8)사직서로 개칭하고 승(丞, 종7품) 1인, 녹사(錄事, 종9품) 2인을 두었다.
1451년(문종 1) 실안도제조(實案都提調 : 좌의정이 겸임)와 제조 각각 1인씩을 설치하였다. 1466년(세조 12) 겸승(兼丞)을 없애고 서령(署令) 1명을 두었는데 품계는 종5품이다. 『경국대전』에는 도제조(都提調 : 시원임대신이 겸임) 1인, 제조(정2품 관원이 겸임) 1인, 영 1인, 참봉(參奉, 종9품) 2인을 두도록 규정되어 있다.
그 뒤 숙종 때 직장(直長, 종7품) 1인과 봉사(奉事, 종8품) 1인이 새로 설치되고 참봉 2인이 없어졌다. 1725년(영조 1) 봉사를 영으로 개편했고, 1882년(고종 19) 영 1인을 더 늘려 2인으로 1인은 문관이, 1인은 음관이 임명되었다. 이 밖에 수복(守僕) 8인, 서원 겸고직(書員兼庫直) 1인, 도례(徒隷)로서 사령(使令) 5인, 기별군사(奇別軍士) 1인이 있었다.
사직서의 입직 관원(入直官員)은 매 5일마다 사직단과 토담을 봉심(奉審 : 왕명을 받들어 능이나 묘를 살피는 일)해야 하며, 매월 삭망 때는 신실(神室)을 봉심해야 하였다. 그리고 만일 개수한 곳이 있으면 예조에 보고해야 하였다.
호·예·공조의 낭관(郎官)은 매년 춘추 맹월(孟月), 즉 정월과 7월에 사직단 및 토담과 신실을 살펴봐야 하였다. 만일, 사직단의 대석(臺石)이 무너졌거나 신실이 샐 경우는 제조가 살펴본 다음, 예조에 보고한 뒤 길일(吉日)을 택해 예·호·공조의 삼판서와 제조가 함께 감독해 바로 잡도록 되어 있었다.
사직에 행하는 중요한 제향(祭享)으로는 정월 상순 신일(辛日)에 행하는 기곡(祈穀), 2월과 8월의 상순 무일(戊日)에 행하는 중삭(中朔), 납일(臘日)에 행하는 납향(臘享)의 4대향(四大享)이 있었다. 아울러 수(水)·한(旱)·질역(疾疫)·황충(蝗虫)·전벌(戰伐) 때에 행하는 기제(祈祭)와 책봉(冊封)·관례(冠禮)·혼례(婚禮) 때 행하는 고제(告祭)의 소사(小祀)가 있었다.