제주도 남부지역의 화물수송 거점항이며 연근해로 출항하는 어선들의 모항으로서 어업전진기지의 기능을 수행하고 있다. 서귀포 해안가에 자리하고 있는 미항으로 국제적인 관광항으로서의 역할도 기대된다.
1920년 초만 하여도 단순한 어항이었으나, 1925년 조도와 육지를 연결한 216m의 방파제를 축조한 것이 최초의 외곽 방파제 시설이었다. 그 뒤 1962∼1966년 사이에 항내의 준설, 1967∼1976년 사이에 물양장·방파제 공사를 실시하여 현재에 이르고 있다. 1996년에 서귀포항 외항방파제 공사에 착공하여 완공하였으며, 2001년에는 외항 안벽축조 공사를 시작하여 마무리지었다.
2009년 현재 주요 항만시설로는 안벽 1,410m, 방파제 1,831m, 물양장 817m 등이 있으며 잔교는 부설되지 않았다. 선박 접안능력은 모두 11척으로 5천톤급 2척, 3천톤급 7척, 1천톤급 2척이다. 연간 하역능력은 187만 8천톤이다.
2009년의 전체 입출항 선박은 946척이며 총톤수는 98만 2,716톤에 달한다. 이들 선박은 모두 내항선이다. 2009년의 입출항 화물물동량 처리실적은 모두 35만 3,720톤으로 모두 입항 물동량이다. 품목별 화물은 동식물성 생산품이 20만 1201톤으로 가장 많은 비중을 차지하고, 그 뒤를 이어 모래 8만 9,765톤, 석유정제품 2만 7,406톤, 철강 및 관련부품 3,207톤 등이다. 2009년의 입항 척수는 모두 472척이고 입항 톤수는 48만 9,528톤이다. 출항 척수는 474척이고 출항 톤수는 49만 3,168톤이다. 한편 연안 입항화물은 12만 1,812톤이고 연안 출항화물은 23만 1,908톤이다.