1904년 1월에 신녕면 유지들이 회합하여 학교설립기성회를 조직, 4년제 신녕사립보통학교로 설립하였다. 1912년 3월에 신녕공립보통학교로 인가되었으며, 1913년 3월에 제1회 졸업생 15명을 배출하였다. 1916년까지 남학생만 수용하다가 1917년 4월부터 여학생의 입학을 허가하는 동시에 수업연한이 6년으로 연장되었다. 그 뒤 1939년에 화성공립심상소학교, 1942년에 화성공립국민학교, 1946년에 신녕국민학교로 개편되었다. 1981년 3월에 병설 유치원이 설치되었으며, 1984년 3월에 특수학급(1학급)이 설치되었고, 1992년에는 농어촌 급식학교로 지정․운영되었으며, 1996년 3월에 신녕 초등학교로 교명이 변경되었다.
2000년 7월에 신축교사가 준공되었고, 2001년 3월에 신녕 서부초등학교와 통합되어 현재에 이르고 있다. 2007년에 경상북도교육청 과학교육 시범학교로 선정되었고, 2009년 7월에는 경상북도 학생과학 발명품 종합 우수교로 선정되었으며, 그 해 11월에 역사관이 개관되었다. 2010년 3월 연중 돌봄 학교로 지정 운영하고 있다.
2010년 3월 현재 특수학급 1학급을 포함하여 7학급에 재학생 155명과 교직원 19명으로 구성되어 있다. 97회 졸업식을 거치며 총 1만 2523명의 졸업생을 배출하였다.
교훈은 ‘참되고 굳세고 슬기롭게’로서 교육목표는 바른 예절 생활로 참사람이 되도록 노력하는 어린이, 기초 ․ 기본학력을 길러 밑바탕이 다져진 어린이, 소질을 계발하여 개성과 창의력을 발휘하는 어린이, 투철한 의지와 끈기로 몸과 마음이 튼튼한 어린이, 고장의 전통과 문화를 이해하고 나라를 사랑하는 어린이로 되어 있다.