1958년 5월 18일 전도사 조용기(趙鏞基)와 최자실(崔子實)이 서울특별시 서대문구 대조동에서 천막교회로 개척한 뒤 1961년 10월 서대문 로터리에 순복음부흥회관을 설립하여 이전하였다. 이때 신자는 400명에 달했으며 이듬해인 1962년에는 조용기 전도사가 목사 안수를 받았고, 교회명도 순복음중앙교회로 바꾸었다.
1964년에 신자수가 2,000명으로 늘어났으며, 1969년 여의도에 새 교회건물을 착공하여 1973년 완성하였고 신도는 1만8000명에 이르렀다. 그 뒤에도 교세는 급성장하여 1981년에는 20만 명, 1986년에는 51만 명에 달하는 세계 최대의 단일교회로 성장했으며, 1984년 1월여의도순복음교회로 교회명칭을 변경하였다.
1981년 10월 소속교단인 기독교대한하나님의성회 소속에서 탈퇴하여 1985년 ‘예수교대한하나님의 성회’라는 새로운 교단을 창설했으나, 1991년 12월 기독교대한하나님의 성회와 재통합을 추진했다.
이런 통합 노력에도 불구하고, 두 교단 내의 통합 반대파를 중심으로 예수교대한하나님의 성회, 기독교대한하나님의 성회(서대문)가 형성되었고, 현재 여의도순복음교회는 기독교대한하나님의 성회(순복음)에 소속되어 있다.
순복음이란 성령충만의 복음이라는 의미로 오순절(五旬節)의 신앙적 성격을 내포하고 있는 용어이다. 이 교회의 특색은 오중복음(五重福音)과 삼중축복(三重祝福)으로 요약된다. 오중복음이란 중생(重生)의 복음, 성령충만의 복음, 신유(神癒)의 복음, 축복의 복음, 천국과 재림의 복음으로서 성경본위의 신앙을 기본으로 하고 있다.
삼중축복은 영혼이 잘되는 축복, 범사에 잘되는 축복, 강건하게 되는 축복으로 병을 치료하여 재생시키는 일이 중심으로 되어 있다. 조직적 특징은 철두철미한 구역조직으로 신도가 연결되어 있다는 점이 급성장한 주요 요인 중 하나로 평가되고 있다.
2009년을 기준으로 33개의 대교구, 309개의 소교구, 13,853개의 구역가 있으며, 17개의 지교회가 있다. 621명의 교역자와 등록교인 75만여명으로 단일교회로는 세계 최대 규모이다. 또한 60여개국에 600여명의 해외 선교사를 파견하여 교회를 설립하는 등 활발한 선교활동을 하고 있다. 관련기관으로는 사회복지법인 엘림복지회와 월간 신앙계, 국민일보, 교육기관으로 순복음신학교, 한세대학교가 있다.