한국기독교교회협의회는 성서를 기반으로 선교와 친교, 봉사, 연구, 훈련을 통해 공동의 사명을 수행하는 것을 목적으로 한다. 특정한 교리나 법규를 고집하지 않으며, 모든 회원교회들의 경험을 존중하고 인정하는 것이 기본 정신이다. 교회연합운동의 정신을 구현하기 위해 세계교회와 상호 협력관계를 유지하고 있으며, 공동의 사업을 추진하기 위하여 세계교회협의회(WCC), 아시아기독교협의회(CCA), 세계각국의 교회협의회 및 기독교 단체들과 긴밀한 관계를 맺고 있다.
1924년에 장로교와 감리교가 구성한 조선기독교연합회가 그 전신이다. 조선기독교연합회는 일제 말기에 탄압으로 폐쇄되었다가 1946년에 한국기독교교회협의회로 재건되었다. 1948년 암스테르담에서 세계교회협의회(WCC)가 조직될 당시 협의회의 회원교단인 감리교와 대한예수교장로회(통합 측)·한국기독교장로회가 회원교단으로 가맹하였다.
협의회는 세계교회협의회가 제공하는 각종 정보와 사업계획, 그리고 재정적인 보조를 받아 홍보출판사업·국제교류사업·연구협의사업·인권사업 및 기독교청년운동 등을 전개하고 있다.
조직으로는 총회, 실행위원회가 있고, 실행위원회의 관할하에 신앙과직제위원회, 교회일치와종교간대화위원회, 문화영성위원회, 국제위원회, 양성평등위원회 등 9개의 위원회와, 총무 산하 현장위원회, 지도력개발위원회 등 2개의 위원회가 있다.
협의회는 국내에 지방지부를 두어 지역교회들과의 친교와 협력을 도모하고 있으며, 아시아지역 인근 국가의 협의회들과 연합하여 동남아기독교협의회(EACC, 현재는 아시아기독교협의회, CCA)도 조직하여 국제교류와 협력을 도모하고 있다. 협의회는 세계교회협의회의 지배를 받는 산하단체는 아니며, 세계교회협의회의 결의가 절대적인 구속력을 협의회에 작용하지는 않는다.
협의회의 가맹교단의 수가 많지 않아 국내 개신교회와 정교회의 총의를 대표한다고 보기는 어려우나 세계교회의 신학과 선교활동의 조류와 보조를 같이 하고 있다.
2013년 현재 가맹교단은 대한예수교장로회(통합 측), 기독교대한감리회, 한국기독교장로회, 한국구세군, 대한성공회, 기독교대한복음교회, 기독교대한하나님의성회(여의도순복음교회측), 기독교대한하나님의성회, 한국정교회, 기독교한국루터회 등 11개 교단이다.