광복 전의 기독학생운동단체인 YMCA와 YWCA의 대학생회, 장로교회의 면려청년회, 감리교회의 엡워스(EP worth)청년회, 성결교회의 성청(聖靑) 등이 광복 후 기독교연합운동의 정신에 입각하여 하나로 통합되기 시작하여 1946년 서울·대구·부산·전주·광주 등지에서 기독학생연합회가 조직되었고, 1947년에는 각 지방 연합회가 전국적인 연합회를 결성하기에 이르렀다.
여기에 18개 대학과 54개 고등학교의 기독학생회가 합세하여 1948년 여름에 하기대회를 열어 대한기독학생회전국연합회를 조직하였다. 그 뒤 한국기독교교회협의회(KNCC)에 가맹하여 협의회의 운동노선을 따르면서 기독교 대학생들간의 친교와 교양을 위한 활동과 교회 안팎의 현실에 참여하여 학생 선교활동을 전개하였다.
1969년 11월 23일 YMCA와 통합하여 KSCF(korea student christian federation)로 탄생한 6개 교단(예장 통합, 기장, 감리교, 성공회, 구세군, 복음교단)의 명실상부한 에큐메니칼(하나님도 하나요, 그리스도도 하나요, 교회도 하나이다는 입장에서 교회일치와 세상에서의 증거를 연합하는 운동) 학원선교 단체이다.
본 연맹은 ‘학원’과 ‘교회’와 ‘사회’에서 “한국을 새롭게”하자는 슬로건으로 역사의 현장 속에서, 예수그리스도를 증거하려 노력하며, 많은 희생을 무릅쓰고, 한국의 민주화에 기여하였다.
본 연맹의 목표는 신앙과 학문의 세계를 결합시키고 학문사회 내에서 기독교의 선교적 사명을 감당하는 조직이며 세상의 변화에 책임있는 기독지성인의 역할을 강조하는 운동이다. 아울러 세상 속에서의 예수그리스도를 증거하는 에큐메니칼 운동이다.
현재 각 대학에서는 기독학생회(SCA)로, 고등학교에서는 기독학생회(SCM)로 열심히 활동하고 있으며, 본부는 종로구 연지동 기독교회관 608호에 위치하고 있다.