1권 1책. 필사본. 이 책은 ‘초창결(草窓訣)’·‘삼리결(三理訣)’·‘원기활법(圓機活法)’ 등의 이름으로 전해져 있는데, 그 내용에 있어서는 일치하지 않는 것도 있다. 현재 초본으로만 전해지고 있으며, 김두종가(金斗鍾家)에 소장되어 있다.
내용은 인체의 생리와 병리가 모두 오운육기(五運六氣)에 의한다는 것을 논하였는데, 그런 까닭으로 그 치법에 있어서도 오운육기의 세령(歲令)을 자세히 살펴 질병의 형증(形證)과 맥식(脈息)을 구분하여 용약의 원칙을 정하게 된다.
이러한 의설(醫說)은 송나라의 『소문입식운기논오(素門入式運氣論奧)』에 적혀 있는 오운육기설을 거의 그대로 답습한 데 지나지 않는 것인데, 이처럼 병리와 치법을 음양오행·오운육기의 원리로 논하는 것은 의학의 원리를 파악하고자 하는 올바른 견해라고 하기는 어렵다.
그러나 송대 이후로 그 당시에 성행하던 성리설(性理說)의 영향을 받아 오운육기의 병리설이 의학의 많은 부분을 지배하게 되어, 우리나라에서도 고려 후기부터 조선 전기에 이르도록 많은 의가들이 이런 운기설을 신봉해왔다.
그런데도 불구하고 우리나라에서 오운육기에 관한 전문서를 보지 못하였는데, 이런 의미에서 『운기연론』은 이 분야를 소개한 최초의 전문서로서 의의가 크다.