1908년 4월 10일 강화병영의 이동휘(李東輝)와 갈형대(葛亨大)가 지방민들에게 교육구국을 위한 신교육의 필요성을 역설하여 주민들의 협력으로 분진학당(分津學堂)을 설립하였다.
당시 통진에 속한 4개 면이 호응하여 분진관(分津館)과 향교의 명륜당(明倫堂)을 교사로 사용하였으며, 학생은 하급반ㆍ상급반으로 나누어 각 20여 명씩 편성하였다. 학당의 훈장은 이동휘와 갈형대가 맡아보았고, 그밖에 교사 2명이 있었다.
1910년 이동휘와 갈형대는 무관으로서 육영사업을 하는 것이 불순하다는 이유로 일제에 의해 시달림을 받다가 만주로 망명하였으며, 학당은 공립으로 개편되어 1910년 9월 수업연한 4년의 통진공립보통학교로 교명이 변경되었다.
1914년 3월 제1회 졸업생 15명을 배출하였으며, 1922년 주민들의 협력으로 월곶면 군하리로 교사를 신축하여 이전하였다. 1933년 4월 서암간이학교를 설치하였고, 1938년 4월통진공립심상소학교, 1941년 4월월곶국민학교로 교명을 변경하였다.
1946년 7월문수분교장을 설치하였고, 6ㆍ25전쟁으로 교사가 전소되었다가 1952년 7월CAC 원조로 현재의 위치에 교사를 신축하여 이전하였다. 1966년개곡분교장, 1970년옹정분교장을 설치하였고, 1996년 3월월곶초등학교로 교명을 변경하였다.
‘예절규범을 실천하는 기본이 바른 어린이, 스스로 공부하는 능력있는 어린이, 깊이 생각하고 탐구하는 창의적인 어린이, 몸과 마음을 가꾸는 건강한 어린이’ 육성을 교육목표로 하고 있다. 역점사업으로 친환경녹색성장교육에 중점을 두고 교육활동을 전개하고 있다.
2010년 3월 현재 특수학급 3학급을 포함한 10학급에 172명의 학생이 재학하고 있으며, 교직원은 34명이 재직하고 있다. 2010년 2월 제96회 졸업식까지 총 6,917명의 졸업생을 배출하였다.