본편 12권 6책과 부록 1책의 총 7책 목판본으로 간행. 서울대학교 규장각한국학연구원에 소장되어 있다.
원래 이 책은 1867년에 완성한 원고를 다음해인 1868년에 당시 서울 무교동에 있던 찬화당(贊化堂)에서 간행하였다. 이것은 1855년에 그가 찬술한 『부방편람(附方便覽)』을 더욱 간편하고 이해하기 쉽게 개정한 것이다. 부록 1책은 「본초(本草)」로서 속칭 ‘약성가(藥性歌)’로 불리고 있다.
『의종손익(醫宗損益)』은 『동의보감(東醫寶鑑)』을 축소시켜 간결하게 정리한 것이다. 더욱 이용에 편리하게 하기 위해 중요한 부분만을 골라 처방전을 삼품(三品)‚ 곧 보제(補劑)·화제(和劑)·공제(攻劑)의 삼통(三統)으로 나누어 다시 엮은 것이 1869년『의방활투(醫方活套)』로 출간되었다.
『의종손익』의 편집내용을 보면, 권1은 총론(總論)·신형(身形)·정(精)·기(氣)·신(神), 권2는 혈(血)·몽(夢)·성음(聲音)·언어(言語)·진액(津液)·육부(六腑)·포(胞)·담음(痰飮)·충(蟲), 권3은 소변(小便)·대변(大便)·두(頭)·면(面)·안(眼), 권4는 이(耳)·비(鼻)·구설(口舌)·아치(牙齒)·인후(咽喉)·경항(頸項)·흉(胸)·유(乳)·복(腹)·제(臍)·요(腰)·협(脇), 권5는 피(皮: 단독·은진·반진 등)·맥(脈)·근(筋)·수(手)·족(足)·전음(前陰)·후음(後陰)으로 되어 있다.
권6·7은 풍(風)·한(寒)·서(暑)·습(濕)·조(燥)·화(火)·내상(內傷), 권8은 허로(虛勞)·곽란(霍亂)·구토(嘔吐)·해수(咳嗽)·적취(積聚), 권9·10은 부종(浮腫)·창만(脹滿)·소갈(消渴)·황달(黃疸)·제창(諸瘡)·구급(救急), 권11·12는 부인(婦人)·소아(小兒: 두진·마진) 등이다.
부록인 「약성가」는 뒤에 『방약합편(方藥合編)』에 인용되어 그 빛을 보게 되었고, 또한 약성(藥性)의 끝에 생약의 이름을 국명(國名)으로 표기하여 그 당시의 생약을 구명하는 데 매우 큰 도움을 주고 있다. 이 책은 그의 대표작이며, 당시 우리나라 제일의 의학전서로 인정되었다.