함경북도 길주 출신. 1894년 외부(外部) 주사(主事)로 활약한 바 있는 관료 출신이다. 1905년 북간도로 망명하여 북간도관리사로 활동하다 의병부대를 조직한 이범윤과 합류하여 충의대(忠義隊) 영장(營長)으로 활약하였다.
다시 이범윤의 창의소(倡義所)를 조직할 때 동참하였다. 이 후 이병진의 활동은 잘 알려져 있지 않으나 다른 의병 출신자들과 마찬가지로 일시 잠적해 있었던 것으로 보인다. 1919년 3·1운동이후 간도 지역에 독립군 부대들이 결성되기 시작하자 이병진은 전의군중부(前義軍中府) 제1 이정국장(理正局長)으로 활동하였다.
그 뒤 1920년 경신참변시에 의란구(依蘭溝) 남동(南洞)에 있는 자택에서 일경에게 피살되어 순국하였다.
1995년 건국훈장 독립장이 추서되었다.