1430년(세종 12)에 종학이 설치되자 여기에 필요한 교관을 종학관이라 하였는데, 독립된 녹관(錄官)이 종학설치와 함께 신설되지 못하고 성균관에 따로 사성·직강·주부를 1인씩 더 설치하여 종학관을 겸하게 하였다.
이것이 성균관원이 종학관을 겸하게 된 시초였으며, 이후 이들은 모두 종학박사로 불리게 되었다. 그 뒤 1466년(세조 12)에 관제를 개혁할 때 도선(導善, 정4품) 1인, 사회(司誨, 정6품) 2인과 함께 전훈을 1인으로 한 구체적인 직명이 정해졌다.
이렇게 겸직이 아닌 독립된 전임관이 성립되었지만, 이것은 일시적일 뿐 3년 후인 1469년(예종 1)에는 사간원의 계(啓)에 의하여 성균관의 사성(司成, 정3품) 이하 전적(典籍, 정6품)이 종학관을 품계에 따라 겸하는 내용이 나오고, 1471년(성종 2)『경국대전』에 이러한 내용이 명문화됨에 따라 종친사환금지와 더불어 종학은 유명무실한 존재가 되었다.
그 뒤 영조 때까지 치폐가 거듭되다가『속대전』 때 완전히 폐지됨에 따라 종학관도 폐지되고 말았다.