부산∼원산 간 항로의 중간기항지가 되면서 여객선과 화물선이 입항하기 시작하였으며, 1927년 6월에 본격적인 개항장이 되었다.
강릉의 외항으로 동해안 유수의 어항이며, 속초항과 함께 한국전쟁 때 수복된 어항이다.
천연의 양항이라 할 정도는 아니지만, 방파제의 완성으로 영동지방에서 제일의 어항이 되었고, 부근 연해에는 한류와 난류가 만나고, 해안에서 조금 떨어진 곳이라도 수심이 깊어 명태·오징어·고등어·정어리 등의 어족이 풍부하다.
2009년 현재 주요 항구시설로는 안벽 105m, 방파제 1,060m, 물양장 1,018m 등이 있으며, 잔교는 부설되어 있지 않다. 주문진항에는 방사제 432m가 설치된 것이 특징이다. 선박접안능력은 3천톤급 1척이다. 연간하역능력은 11만 6천톤에 달한다.
주문진항은 무역항이 아닌 연안항으로 지정되어 있기 때문에, 연해구역을 항행하는 선박만이 입출항하고 있다. 항내 수질오염을 개선하고 어선접안시설 확충 및 토사유입방지 시설 공사를 진행하고 있다.