1906년 4월 엄준원(嚴俊源)에 의해 사립 진명여학교로 설립되었다. 엄준원은 여성의 신교육을 목적으로 누이인 순헌황귀비(純獻皇貴妃)로부터 교지를 하사받아 창성동에 여학교를 설립하고 초대 교장에 취임하였다.
기존의 사립여학교들이 외국인 선교사가 세운 학교임에 반하여 진명여학교는 한국인에 의하여 설립된 최초의 여학교였다. 설립 당시 2년제 보통과에 8∼15세의 여학생 70명이 입학하였으며, 1908년 제1회 졸업생 10명을 배출하였다.
그때까지의 교과과정은 아직 사숙(私塾)의 형태를 벗어나지 못하여 수신(修身: 도덕)ㆍ국어ㆍ한문ㆍ산술ㆍ재봉ㆍ수예ㆍ창가ㆍ도화(圖畵: 미술) 등이 주된 교과목이었다. 같은 해 9월 유치과ㆍ예비과ㆍ중등과를 설치하여 유치과에서는 유아교육을, 예비과에서는 종전의 보통과 교육을 실시하였다.
중등교육과정의 3년제 중등과에서는 보통과 졸업생 10명을 편입시켜 1911년 중등과 졸업생 10명을 최초로 배출하였다. 1912년 보통과는 4년제의 진명여자보통학교로, 중등과는 3년제의 진명여자고등보통학교로 인가를 받았고, 유치과는 폐지되었다.
1913년 설치된 2년제 기예과(技藝科)는 12세 이상의 부녀자들에게 보통교육과 함께 수예 등을 가르치다가 1922년 3년제 진명여자고등보통학교 부설 경성여학원으로 개편되었다. 1922년 당시 진명여자고등보통학교의 교과목은 수신ㆍ국어ㆍ한문ㆍ일본어ㆍ영어ㆍ역사ㆍ지리ㆍ수학ㆍ이과ㆍ도화ㆍ가사ㆍ재봉ㆍ음악ㆍ체조ㆍ수예 등이었으나, 1938년에 국어와 한문은 폐지되었다.
1928년진명여자보통학교와 경성여학원을 폐교하고 진명여자고등보통학교만을 운영하면서 4학급에서 8학급으로 학급을 증설하였으며, 1931년 5월말 재학생 수는 410명이었다. 1938년진명고등여학교, 1947년진명여자중학교로 개칭하고 수업연한을 6년으로 연장하였다.
그 뒤 「교육법」 개정에 따라 1951년진명여자고등학교와 진명여자중학교로 개편되었다가 진명여자중학교는 1987년 폐교되었다. 1989년 8월서울시 양천구 목동 현재의 위치에 교사를 신축하여 이전하였다. 2001년 도서관인 의석관을 개관하였다.
학교 이름 ‘진명’은 덕을 쌓고 학업을 닦아 온누리를 밝게 비추며, 굴함이 없이 전진한다는 창립정신을 나타내고 있다. 1939년 처음으로 교훈을 제정하여 ‘장자존경ㆍ온량정숙(溫良貞淑)ㆍ근로호애ㆍ질소검약ㆍ시간이용ㆍ책임존중ㆍ지성봉공(至誠奉公)’의 교훈 7칙을 품행의 규범으로 삼았으며, 현재는 ‘진실ㆍ협조ㆍ창의’를 교훈으로 하고 있다.
일제강점기 학생운동으로는 3ㆍ1운동, 1920년대 말의 항일투쟁, 1930년대 초의 농촌 계몽운동과 문자보급 운동 등에 참여하였다. 1973년 체육 우수학교, 1979년 교육령 강화 우수학교로 표창을 받았고, 1995년 개교 90주년을 맞아 『진명 90년 사진첩』을 간행하였다. 연례행사로는 백선제와 진명운동회가 있다.
2009년 현재 48학급에 1,925명의 학생이 재학하고 있고, 110명의 교직원이 재직하고 있다.