대한불교조계종 제8교구 본사인 직지사(直指寺)의 말사이다.
858년(헌안왕 2) 도선(道詵)이 창건하였고, 혜철(惠哲)이 머물기도 하였다. 조선 중기에 의룡율사(義龍律師)가 중창하였고, 1647년(인조 25) 화재로 소실되자 벽암(碧巖)이 허정(虛靜)을 보내 중건하였으며, 1782년(정조 6) 4월 다시 불타자 환우(喚愚)와 대운(大運)이 20여년 후에 중건하였다. 그 뒤 1897년(고종 34)경에 폐사되어 대중이 흩어졌으나 1900년대 초에 극락전을 건립하였으며, 이어서 응운(應雲)이 보광전을 건립하다가 입적하자 대운(大雲)이 이를 받아서 완성하고 42수(手)의 관세음보살상을 봉안하였다. 1911년 9월에 다시 화재로 인하여 전각이 불타자 대운이 1912년 봄에 다시 당우를 건립하였으며, 1940년대 이덕진화상이 정법루(正法樓)를 신축하고 1976년 주지 비구니 진기가 사천왕문을 건립하였다. 1992년에 지형이 중현당(重玄堂)을 신축하고 2006년 상덕이 중수하여 현재 청암사율학승가대학원 건물로 사용하고 있다.
현존하는 당우로는 1985년 경상북도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정된 대웅전을 비롯하여 육화료(六和寮) · 진영각(眞影閣) · 정법루 · 중현당 · 범종각 · 일주문 · 사천왕문 · 비각(碑閣) · 객사 등이 있고, 계곡 건너 100m 지점에는 극락전(極樂殿)과 1994년 경상북도 문화재자료로 지정된 보광전(普光殿) · 요사채 등이 있는 극락암(極樂庵)이 있다.
이중 육화료는 청암사승가대학의 중심 대방채로 이용되고, 극락전 안에는 2009년 경상북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 아미타불회도가 있다. 그외 2009년 경상북도 유형문화재로 지정된 신중도와 진영각에 모셨던 22위의 조사진영은 현재 직지사성보박물관에 보관 중이다. 또 대웅전 앞에 있는 높이 약 6m의 석탑은 1985년 경상북도 문화재자료로 지정되었으며, 1층 석탑에 여래상이 양각되어 있으나 탑신이 4층이어서 균형이 맞지 않는다. 이 절 입구의 부도군에는 벽암대사의 사리탑을 비롯하여 태감(泰鑑) · 지성(智性) 등의 공덕비가 있다.
또 일주문 안에는 사적비를 비롯하여 회당비각(晦堂碑閣)과 대운당(大雲堂)의 비각이 있다. 이 절의 부속 암자로는 유명한 수도도량인 수도암(修道庵)과 1905년에 비구니 유안(有安)이 창건한 백련암(白蓮庵)이 있다.