치종에 대한 전문의제도가 언제부터 시작되었는지 단정을 내리기 어려우나 『경국대전(經國大典)』의 장권조(奬勸條)에 치종전문의의 필요성이 강조되었으며, 그 뒤 1543년(중종 38) 8월에 편찬된 『대전후속록(大典後續錄)』의 체아직제 중에 ‘치종의원(治腫醫員) 1인’이라는 기록이 보인다.
그런데 『증보문헌비고(增補文獻備考)』의 직관고(職官考)에 전의감부 치종청(典醫監附治腫廳)이라고 보이고, 또 1603년(선조 36)에 다시 치종청을 두어 치종을 장악하게 하였는데 그 청의 창설 및 폐지된 연대는 자세하지 않다고 하였다.
이상의 기록을 살펴볼 때, 치종청은 1485년(성종 16) 이후부터 1506년(중종 1) 사이에 전의감(典醫監)의 부속으로 설치되었다가 도중에 그 업무가 부진하므로 그 직제가 한때 폐지되었고, 1592년(선조 25) 임진왜란과 그 뒤 정유재란으로 외과적 창상에 관한 의료가 갑자기 필요하게 됨으로써 1603년에 다시 설치된 것이 아닌가 생각된다.
치종의의 전문의제도도 치종청의 설립과 함께 설치되었을 것이다.