선사시대와 고대의 역사에 대한 연구와 우리 문화의 독특한 위치와 성격을 밝혀 국내외의 우리 역사를 올바르게 해석하도록 하는데 기여함을 목적으로 조직되었다.
김정배(金貞培)·문명대(文明大)·이융조(李隆助) 등이 발의하고, 안승주(安承周)·강인구(姜仁求)·최무장(崔茂藏)·임효재(任孝再)·신형식(申瀅植) 등과 발기하여 학회를 창립하였다.
이 학회는 고고학·고대사·미술사·민속학·인류학 등의 제분야를 망라하는 학제간의 연구를 매년 2차례의 학술회의를 통해 발표하고 있다.
1991년 제1회 학술발표회는 고려대학교에서 개최되었고, 또 학회지 『선사(先史)와 고대(古代)』를 발간하였다. 제1집에는 구석기 2편, 청동기 1편, 고분 2편, 과학사 1편, 외국(러시아) 논문 1편 등이 수록되어, 폭넓은 주제와 함께 외국 학자의 글을 소개하였다.
제2집부터는 특집호를 만들어 『삼국통일의 역사적 재조명』(제2집), 『한국고고학의 제문제(제3집)』, 『가야사의 제문제』(제4집), 『한국 선사고고학의 제문제』(제5집), 『백제 고고학의 제문제』(제6집), 『한·중 원시농경문화의 제문제』(제7집), 『동아시아 신석기문화의 제문제』(제8집), 『동아시아 있어서 발해의 국제적 위상』(제9집), 『고구려사의 제문제』(제11집) 등 고고학과 고대사 분야에 대한 주제를 교대로 특집을 마련하였다.
한편 제12집부터는 시대별로 특집호 구성하여, 『구석기문화의 새로운 연구』(제12집), 『신석기문화의 새로운 연구』(제13집), 『청동기문화의 새로운 연구』(제14집), 『백제 불교의 새로운 연구』를 간행하였고, 논문을 10편 이상 수록하는 잡지로 만들었다. 여기에는 각기 『청원 두루봉동굴 새굴·처녀굴 구석기문화』(제12집), 『중석기·신석기문화의 새로운 해석』(제15집) 등도 특집으로 다루었다.
이처럼 고고학과 고대사에 관한 여러 분야의 학제간의 새로운 연구결과를 외국학자들의 연구와 함께 학계에 발표하도록 하였다.
학회의 구성은 회장·운영위원·연구위원·편집위원·감사·간사·회원이 있고, 회원은 평생회원(개인 및 기관), (정)일반회원(개인 및 기관), 학생회원(대학생·대학원 석사과정)으로 구분된다.