1948년 이혜구(李惠求) · 성경린(成慶麟) · 장사훈(張師勛)의 발의로 발족한 국악학회(國樂學會)가 모체가 되었으며 1964년 사단법인 한국국악학회로 이름을 바꾸었다. 지금까지 국악의 연구 발표, 국악 관계 자료 수집, 국악에 관한 전시회 또는 강연회의 개최, 국악에 관한 출판사업, 국내외 학계와의 교류 등을 수행해 오고 있다.
학회의 연구발표 활동은 국악학회의 초창기에 단 4회의 월례발표회를 끝으로 활동이 중단된 바 있고, 1954년 10월 덕성여자대학에 국악과가 설치된 것을 계기로 다시 시작되었으나 3회의 발표를 끝으로 중단되는 등의 곡절을 겪기도 하였다.
그러나 1957년부터는 중앙방송국 · 중앙공보관 · 방송사업협회의 재정 지원으로 매월 정례 연구발표회 활동이 정착될 수 있었고, 현재까지 약 600여 회에 가까운 월례발표회를 기록했다.
이 연구발표회에서는 국악학자들의 새로운 연구 논문과 한국을 방문한 외국 음악학자들의 연구 결과 발표가 주종을 이루었으며, 매년 대학원을 갓 졸업한 신진들에게 발표 기회를 주어 연구활동을 진작시키고 있다.
1989년에는 제1회 한국국악학회 전국대회를 열어 본격적인 학술활동을 재개하였으며, 1992년 5월 28일부터 2일간 ‘한국음악의 형식’이라는 주제로 전주우석대학예술관에서 ’92 국악학전국대회, 1997년 10월 5일부터 2일간 ‘한국 전통음악의 학술용어 검토’라는 주제로 충청북도 영동군 여성회관에서 ’97 국악학전국대회, 1998년 6월 1∼2일 ‘판소리 우조’라는 제목으로 송흥록의 달 기념학술대회를 국립국악원과 공동으로 전라남도 남원에서 개최했다.
1998년 7월 20∼21일 ‘국악학과 인접 분야의 연구실적과 앞으로의 전망’이라는 제목으로 학회 창립 50주년 기념 국악학전국대회를 제주도에서 개최하였다. 1997년 2월 ‘이보형의 한국의 장단론’이라는 주제로 2일간 합숙(양평 수련원)훈련을 하였다.
1998년 2월 23일과 24일 두번째 행사로 ‘국악 용어 개념 정리를 위한 토론회’가 한국정신문화연구원에서 있었다. 앞으로도 한국음악학의 쟁점이 되는 주제를 선정하여 전국규모의 학술대회를 열 계획으로 있다.
출판 활동을 보면 1971년 최초의 국악 학술지 ≪한국음악연구≫를 간행하여 1997년 현재 제25집을 낸 것을 비롯하여, ≪국악사≫(이혜구, 1965) · ≪한국악기대관≫(장사훈, 1969) · ≪오가전집≫(金澤洙, 1971) · ≪이혜구박사송수기념음악학논총≫(1969) · ≪유예지≫(서유구, 1969·1979) · ≪시조음악론≫(장사훈, 1973) · ≪국악개론≫(장사훈 · 한만영, 1975) · ≪장사훈박사회갑기념동양음악논총≫(1977) 등 국악학 연구의 기본 도서 및 자료 등을 발간하였다.
한편 이 학회는 외국 음악학계와의 교류도 활발히 추진하여 왔는데, 그 중에서도 일본 음악학자들과 함께 고려악회(高麗樂會)를 구성하여 일본과 한국을 오가며 4회(1984년에 중단)의 세미나를 개최한 것과 1981년 여름 세계국제민속음악회, 1994년 11월 제1회 아 · 태민족음악학회를 서울에 유치하여 국제적인 학술대회를 치른 것 등이 주목할 만한 사업으로 평가된다.
임원진은 명예회장 1명, 회장 1명, 부이사장 2명, 기획이사 · 출판이사 · 총무이사 · 국제이사 · 연구이사 · 상임이사 · 공연홍보이사 등 이사 7명, 감사 2명으로 구성되며, 1998년 현재 평생회원 99명, 정회원 150명을 두고 있다. 한국국악학회 사무실은 서울특별시 성동구 행당동 한양대학교 음악대학 안에 있다.