1981년 7월 법률 제3417호에 의하여 전 가족계획연구원과 전 한국보건개발연구원을 통합, 한국인구보건연구원으로 발족하였으며, 1986년 12월 보건사회부 사회보장심의위원회의 조사 연구 기능을 흡수, 1990년 1월 한국보건사회연구원으로 개칭되었다.
연구원 설립 이후 줄곧 보건복지부 소속이었으나 1999년부터 국무조정실 경제사회연구회 소속으로 변경되었다. 국가의 보건의료·사회보장·사회복지 정책 수립에 필요한 과제를 현실적이고 체계적으로 수행하고 있다. 원장·부원장 아래 보건정책연구실·사회보장연구실·가족복지연구실·정보통계연구실의 4개 연구실 14개 연구팀을 두고 있으며, 지원부서로는 연구조정실과 사무국을 두고 있다.
주요업무는 국민 보건의료제도에 관한 평가 및 정책개발, 보건산업 및 보건정보에 관한 정책연구, 사회보장 및 복지서비스에 관한 정책연구, 인구 및 가족문제에 관한 정책개발, 보건복지 관련 국제협력 증진 및 기술·정보 교류, 보건복지 관련 교육·연수 및 홍보, 공청회 및 정책토론회를 통한 국민여론 수렴 등이다.
이 외에 연금제도개선기획단·의료보험통합추진위원회와 같은 국가의 주요 위원회를 적극 지원하고 있다. 매년 약 50여종의 연구결과보고서를 발간하고 있으며, 정기간행물로는 『보건사회연구』를 연 2회 발간하고 있다.
1997년 10월부터는 국내 유일의 보건복지정책 관련 월간지인 『보건복지포럼』을 발간하여 보건복지 분야의 연구자·전문가 및 정책 관련자에게 배부하고 있다.
2014년 12월에 한국보건사회연구원이 세종특별자치시 시청대로 370으로 이전을 완료하여 업무를 수행하고 있다.