한국불교연구원은 1974년 불교의 학술 연구와 신행의 실천을 위하여 설립된 불교 학술신행단체이다. 1974년 4월 5일 불연 이기영에 의하여 설립되었는데, 학술연구 분야에서는 불교의 학술 행사 및 강좌를 개최하며, 학술지 『불교연구』를 발간하고 있다. 신행실천 분야에서는 재가불자의 교육과 수행을 위한 법회, 강좌, 봉사 등 다양한 프로그램을 운영함과 더불어 경기도 광주시 곤지암에 수행 공간인 유마정사를 운영하고 있다.
1974년 4월 5일 초대 원장인 불연 이기영(李箕永)이 서울 중구 묵정동 18번지[한국학생회관 203호]에 설립하였다. 그해 7월 제1회 불교기초과정 강좌를 개최하였으며, 9월 회보[월간 구도]를 창간하였고, 10월에는 한국불교연구원 구도회[현 서울구도회]를 창립하였다. 이후 1976년에 대구구도회를, 1977년에는 부산구도회를, 1999년 2월에 대전구도회를 창립하였다. 1977년 출판부를 설립하고 『불전해설(佛典解說)』 · 『종교사화(宗敎史話)』 · 『반야심경(般若心經)』 · 『금강경(金剛經)』 · 『육조단경(六祖壇經)』 · 『선사상(禪思想)』 등을 간행하였다. 1981년 5월에 사무실을 서울시 종로구 신문로 1가 서울사대 동창회관으로, 1984년 8월에 서울 강남구 논현동으로, 1990년 6월에 서울시 강남구 개포동으로, 2004년 5월에 서울특별시 종로구 돈화문로로 이전하였다. 1985년 8월에 학술지 『불교연구』를 창간하였다. 1987년 4월에 전문강좌 및 통신강좌를 개설하였다. 1988년 3월에 한국불교연구원 부설 원효학당을 설립하고, 동년 11월 사단법인 인가[문화공보부 제623호]를 받고 초대 이사장으로 이기영이 취임하였다. 1989년 11월 한국불교연구원 산하 전국교사불자연합회를 창립하였다. 1996년 11월 이사장 겸 원장인 이기영이 타계하며 제2대 이사장 겸 원장으로 정병조가 취임하였다. 2001년 8월 한국불교연구원 부설 유마정사 수련원을 경기도 광주시 곤지암 연곡리에 설립하고, 2013년 8월에는 유마정사 큰법당을 낙성하였다. 2009년 8월 불연사업후원회를 결성하였다. 2010년 1월 24일 인류의 건강사회 구현을 목적으로 의사, 약사, 간호사, 자원봉사자들로 구성된 무량감로회를 창립하여 무료 진료봉사를 하였다. 2022년 11월 불연 이기영 탄생 100주년 학술회의를 개최하였다.
학술연구 분야로는 불교 제분야의 학술세미나를 개최하며, 학술지 『불교연구』를 연 2회 발간하고 있다. 또한 한국불교연구원 부설 원효학당에 불교 강좌를 개설해 재가불자들의 불교 교육을 한다. 신행실천 분야로는 전국에 서울구도회, 대구구도회, 부산구도회, 대전구도회 등 4개의 구도회를 운영하는 한편 수행도량인 유마정사에서 신행을 실천한다.
한국불교연구원은 1974년 개원 이래 불교의 학술연구와 신행실천을 겸비하는 불교 신행단체로서의 전통을 지켜왔다. 현재, 학술연구를 위하여 『불교연구』를 연 2회 발간하며 부설기관인 원효학당에서 불교 강좌를 진행한다. 신행실천을 위하여 수행 단체인 구도회와 수행 도량인 유마정사를 운영한다.