그동안 미확인된 민간약, 전승약물, 계승하여 발전된 향약(鄕藥, native Korean medicine), 약용식물 등을 계통적으로 연구 발전시켜, 특히 국민보건 향상에 기여하기 위하여 1969년 5월 설립되었다.
이 학회는 설립된 이래 정기적으로 봄·가을에 전국생약자원조사·자연관찰을 비롯, 희귀약용식물의 자연보호, 학술세미나, 학술대회 및 국제심포지엄 등을 활발하게 하였다. ≪생약학회지 Korean Journal of Pharmacognosy≫는 1969년 9월에 창간한 이래 연 4회씩 발행하여 1999년 현재 제30권까지 발간되었다. ≪생약학회지≫에 수록된 원보(原報)는 약 500여편이며, 그 밖에 학술대회 발표연제를 비롯하여 종설·속보·단보·정보 등도 발표되었다.
1970년 4월부터 1986년 4월까지 17년 동안에는 과학의 달 행사의 하나로 한약의 과학화에 대한 심포지엄이 있었다. 1974년 9월 창립5주년행사로 ‘한국인삼심포지엄’이 있었으며, 이때 한국인삼의 우수성·활성성분·약리작용·한방효능·인삼제품과 복합제제·재배·전망 등이 발표되었다. 1979년 12월 창립10주년에는 ≪생약학편람≫이 간행되었고, 1984년 7월부터 2년마다 한·일생약학회정기학술대회가 계속되고 있다.
1987·1988년에는 2회에 걸쳐 유용천연물질개발심포지엄이 있었으며, 천연물의 생리활성검색, 식물·동물·해양자원 등의 연구가 종합적으로 발표되었다. 1989년 7월 창립20주년에는 국내외 생약학 교수에 의하여 ‘천연자원으로부터 의약품개발 국제심포지엄’이 서울에서 개최되었고, 특히 천연물을 이용한 신물질을 창출할 수 있는 새로운 소재(素材) 개발과 생리활성물질을 분리하여 반합성 또는 새로운 의약품 창제의 기틀을 마련하였다.
또한, 1999년 5월에는 ‘과학의 달 기념 한약개발 심포지엄’이 개최되어 한약의 과학화를 촉진하는 계기가 되었다. 1998년 현재 이 학회는 정회원·준회원·특별회원 제도가 있으며, 회원은 400여 명이다.