국내 여성단체의 여성문제 전담 기구 설립 요구와 유엔의 권고에 따라, 정부는 1963년 이후 여성들을 대상으로 직업기술을 훈련시켜 오던 국립부녀직업보도소와 1961년 설립되어 여성 교양강좌와 기술교육 및 조사연구 등을 실시하면서 여성단체 및 여성 활동의 장으로 운영되던 국립여성복지원을 통합한 전문적·종합적 여성기구의 설립을 추진하였다. 1982년 11월 여성 국회의원의 주도로 「한국여성개발원법」이 국회를 통과하였고, 1983년 4월 보건사회부 산하 ‘국립부녀직업보도소’와 ‘국립여성복지원’이 폐지되고, 한국여성개발원이 설립되었다. 설립 당시 기구는 조사연구실·교육연수실·자원개발실·정보자료실·사무국으로 조직되었다.
1991년 4월에 업무조정감독권이 보건사회부에서 정무장관(제2)실로 이관되었다. 1995년 9월 국내외 여성 활동과 교류의 장으로 ‘여성공동의 장’을 개관하였다. 1996년 11월에는 세계화추진위원회의 ‘여성의 사회참여 확대방안’의 10대 중·단기 중점추진과제 중 여성관련 정보네트워크 구축기본계획에 따라 여성정보센터를 설립·운영하였으며, 1997년 7월에는 21세기 정보화·세계화 시대에 대비하는 여성 지도 인력 양성 및 각급 사회교육기관의 여성관련 교육의 효율적이고 종합적인 지원을 위하여 기존의 사업본부 기능을 확대하여 사회교육원을 설립하였다.
2005년 7월 경제·인문사회연구회 소관 연구기관이 되었으며, 2007년 5월 한국여성정책연구원으로 기관 명칭이 변경되었다.
그 동안 추진한 대표적인 연구로는 「남녀고용평등법」, 「가족법」, 「윤락행위방지법」, 「여성발전기본법」 등 여성관련 주요 법률의 제·개정을 위한 것들이 있다.
또한 「여성정책담당 국가행정기구의 기능강화방안」, 「여성일정비율할당제 도입에 관한 연구」, 「여성복지서비스 전달체계의 기능강화방안」등의 정책연구와 「여성취업실태조사」, 「여성사회지표개발」 등의 기초연구, 「방과후 아동지도프로그램 개발」등을 통하여 여성문제에 관한 기초자료 축적 및 정책개발에 기여하였다.
사회교육기능으로는 여성지도자 연수, 자원활동관리자교육, 여성사회교육담당자교육, 성폭력예방교육 등을 실시하고, 여성사회교육 연계망 구축 및 프로그램 개발보급, 아·태지역 여성훈련, 국제분야 여성인력 양성, 정부기구 및 비정부기구 국제활동지원사업을 전개하였다. 여성정보화 기능으로는 국가여성정보네트워크 구축을 위한 여성정보 종합유통관리시스템을 개발하여 운영하고 국내외 여성관련 정보자료의 수집, 체계화 및 정보서비스에 기여하고 있다.
한국여성정책연구원은 2011년 현재 성인지정책연구실, 가족·사회통합정책연구실. 평등·인력정책연구실 등으로 조직되어 있으며, 여성 관련 정책 연구를 수행하고 있다. 이를 위해 정기간행물로는 『여성연구』, 『젠더리뷰』, 『KWDI Brief』, 『GSPR(Gender Studies and Policy Review)』를 발간하고 있으며, 그 밖에 연구보고서, 정책제안서를 발간하고 있다.