1944년 문을 닫은 조선정악전습소의 후신이다. 1946년 12월김영재(金永載)·김인수(金仁洙)·김영도(金永燾)·김태영(金兌英) 등이 모여 가칭 정악회를 결성하였고, 1947년 10월 사단법인 한국정악원으로 문교부의 인가를 받았다.
그 뒤 6·25동란으로 수송동 사무실은 불탔고, 1954년 종묘 앞 훈정동으로 이전하였다가 1983년 홍제동으로 옮겨 현재에 이르고 있다.
1947년 이후의 이사장은 최영재(崔永載)·나원화(羅元和)·이주환(李珠煥)·전효준(全孝準)이었고, 1980년대 이후에는 그 기구가 학사 출신의 교육자들로 구성되면서 1990년조운조(趙運朝)가 이사장으로 취임하여 현재에 이르고 있다. 정악의 보급은 물론, 1980년대 이후에는 학사 출신의 국악연주인들에게 등용의 기회를 주는 등 공이 크다.