환경위생에 관한 연구를 통하여 인류복지 향상에 기여하며, 회원 상호간의 친목을 도모할 목적으로 정문식(鄭文植)·백남원(白南園) 등이 중심이 되어 1971년 5월 서울에서 설립되었다.
설립 당시에는 한국환경보존연구회라 하였으나 1972년 지금의 명칭으로 변경하였다. 1979년 대한보건협회에, 1981년 1월 한국과학기술단체총연합회에 가입하였다.
1971년 7월 제1차학술대회를 개최한 이래, 1990년까지 총 23차에 걸쳐 연구발표회 및 강연회 등을 개최하였는데, 특히 추계대회에는 지방회원의 사기진작과 학회활동 활성화를 위하여 지방을 순회하며 개최하고 있다.
1974년부터 학술지 ≪한국환경위생학회지≫를 연간으로 간행하다가 1981년부터는 연 2회로 증간하였으며, 1998년 현재 통권 24권을 간행하였다.
학회의 정회원 자격은 환경위생을 전공하거나 이 분야에 종사하는 자로서 이사회의 가입승인을 받아야 하며, 특별회원은 학회의 육성발전에 공로가 큰 자로 이사회의 승인을 거쳐 추대한다. 1998년 현재 회원 총수는 571명이다.