1992년 9월 학교법인 현동학원이 설립허가를 받아 1994년 12월 한동대학교를 설립하여 10개학과에 400명의 정원을 인가 받았다. 설립 당시 영어문학과, 경영정보학과, 환경공학과, 도시공학과, 기계공학과, 금속공학과, 생물공학과, 식품공학과, 전자공학과, 전자계산학과로 구성되었다. 1995년 1월 신입생을 선발하였고, 10월 무전공·무학과(부) 입학제를 도입하여 운영하였다. 1997년 10월 포항선린병원을 기증받았으며, 2000년 7월 대학원 신설을 인가받았다.
학훈은 ‘사랑·겸손·봉사’이다. 국가·사회 및 기독교적 지도자를 양성하기 위하여 지성, 인성, 영성의 고등 및 중등교육을 실시한다는 건학 이념을 바탕으로, 수준 높은 교수·연구를 통한 참된 인간성과 창조적 지성을 갖춘 지도적 인재 양성, 학술 진흥 및 이를 통한 지역사회 발전에 기여함을 교육목적으로 하고 있다.
학부는 인문사회계열, 이공학계열로 이루어져 있으며, 대학원은 일반대학원, 특수대학원, 전문대학원(국제법률대학원)으로 이루어져 있다.
부속기관으로는 학술정보관, 정보전산원, 공학교육혁신센터, 국제교육센터, 국제개발협력센터, 국제법센터, 대학출판부, 보건진료소, 상담센터, 언어교육원, 이공계융합교육연구센터, 평생교육원, 한동교육개발센터, 한동대신문사 등이 있다.
부속연구소로는 국제지역연구소, 경영경제연구소, 첨단기계기술연구소, 건설환경연구소, 디자인연구소, 생명과학연구소, 정보통신기술연구소, 전문인선교연구소, 창조과학연구소, 학문과 신앙연구소, 환동해 해양연구소, 환동해 경제문화연구소, Global Institute for Ideas and Innovation 등이 있다.
학생활동으로는 공연예술분과, 전시분과, 종교분과, 체육분과, 학술분과 등으로 나뉘어 동아리 활동이 이루어지고 있다.