1937년 4월 1년제 함안공립농업실수학교(咸安公立農業實修學校)로 설립되었다. 2개 교실에 학생 32명으로 출발하여 이듬해 3월 제1회 졸업생 38명을 배출하였다.
1941년 4월 2년제 함안공립농업전수학교로 승격되었으며, 1946년 10월 3년제 함안초급중학교로 개편되었다. 1948년 8월 6년제 함안농업중학교로 되었다가 1951년 8월 각 6학급의 함안중학교와 함안농업고등학교로 개편되었다.
1971년 3월 농업과, 축산과, 보통과 각 1학급씩 총 9학급을 편성하고 교명을 함안종합고등학교로 변경하였으며, 1971년 4월에는 중·고등학교를 완전히 분리하였다. 1979년 10월 농업토목과를 신설하고, 18학급으로 증설하였다. 1985년 11월 농업과 2학급, 축산과 1학급, 보통과 3학급 등의 총 18학급이 1997년 9월 학칙 변경으로 원예 1, 축산 1, 보통과 남녀공학 4학급 등으로 개편되었다.
교훈은 ‘진실·창의·협조’이다. 학생활동으로 1955년에 악대부를 편성하였는데, 현재까지 각종 대내·외 행사에서 활약하고 있다.
1973년 도내 실업계고등학교 실기경진대회에서 학생 3명이 기능상을 받은 것을 비롯하여, 1974년과 1979년에 기능상 및 2위상, 1982년과 1985년에 각각 1위상을 받았다.
그 밖에도 1974년 벼 다수확으로 농수산부 장관상을 받은 바 있으며, 1979년 농업계 기능사 의무검정에서 전국 1위, 1980년 농업계고등학교 종합심사 우수교 표창 등을 수상하였다. 1985년 3월부터 문교부(지금의 교육과학기술부)지정 농업교육 시범학교로 선정·운영되었고, 1997년에는 농업교육도 시범학교로 선정, 운영되고 있다.
1999년 3월 1일 함안고등학교로 교명이 변경되었다.
함안지역의 중심학교로 잘 정돈된 교육환경을 갖추고, 구성원 간의 사랑이 넘치고 교육 공동체가 만족하는 교육을 구현하기 위해 노력하고 있다.
현대화된 첨단 교육환경으로 1, 2학년 전 교실에 전자칠판을 구축하여 운영하고 있으며 영어전용실, 음악실 과학실, 미술실, 멀티미디어실, 최신시설의 급식소와 종합 실습동(CAD, 조리 실습실) 등을 완비하고 있다.
장학금 혜택이 많고 농산어촌의 명품학교인 기숙형 고등학교를 운영하여 자기 주도적 학습의 내실화에 힘쓰고 있다.
특색사업으로는 ‘교육에서 돌봄까지’의 기숙형 고등학교를 운영하고 있으며, 교육과정 자율학교 운영 및 소질과 적성을 살리는 방과후 학교를 통한 인재양성, 효제교육을 통한 예의 바르고 좋은 생활 습관 갖기 등 지역사회와 함께 교육공동체를 구현하고 있다.