1980년 11월 11일에 박윤선(朴允善)을 비롯한 7명의 교수와 8명의 강사 및 300명의 학생들이 총신대학 신학대학원에서 나와 서울시 강남구 반포동남서울교회에서 합동신학대학원으로 설립하였다. 3년제 신학연구과와 목회연구과를 설치하고, 초대 원장에 박윤선 목사가 취임하였다.
1982년 11월에 경기도 수원시 영통구 원천동 현재의 위치로 교사를 이전하였고, 1983년 9월에 학교법인 자유학원이 인가되었다. 1984년 12월에 신학과를 설치하였으며, 1985년에 수업연한 4년의 합동신학교로 개칭하였다.
1987년 12월에 목회학과를 신설하였고, 1996년 12월에 합동신학대학원대학으로 승격되었다. 1997년 11월합동신학대학원대학교로 교명을 변경하고, 1999년 신학석사과정을 개설하였다. 2002년 8월 평생교육원을 개원하였으며, 2008년 학점은행제 인가를 받았다.
장로회 계열의 신학교로 칼빈주의 신학에 근거한 ‘바른 신학, 바른 교회, 바른 생활’을 통해 교회가 필요로 하는 교역자와 지도자의 양성을 교육목적으로 하고 있다. 석사과정의 목회학과 입학자격은 4년제 대학을 졸업한 학사학위 소지자로 세례를 받은 지 2년이 경과하여야 한다. 수학연한 3년을 마친 목회학 석사학위 소지자는 교단의 강도사 시험을 거쳐 목사안수를 받을 수 있다. 신학과는 목회학과를 졸업한 자가 입학할 수 있으며 수업연한은 2년이다.
1983년 한국 교회의 신학적 방향을 모색하기 위해서 신학 전문학술지 『신학정론』을 창간하여 봄과 가을 연 2회 발행하고 있으며, 1989년부터 매년 11월에 정암신학강좌를 개설하여 당면한 신학적 과제에 대한 개혁주의적 해결방안을 모색하고 있다.
2010년 현재 박사과정과 석사과정(신학과ㆍ목회학과)에재학생은 270명과 전임교원은 24명이 있다. 부속기관으로 목회대학원ㆍ중앙도서관ㆍ평생교육원ㆍ생활관ㆍ선교훈련원 등이 있고, 부속연구기관에 칼빈사상연구소ㆍ정암신학연구소ㆍ싸이버신학교육연구소가 있다.