1901년 4월 1일 선교와 교육입국(敎育立國)의 취지에서 미국인 선교사 조원식과 강화교회의 박능일(朴能一) 목사가 잠두의숙(蠶頭義塾)으로 설립하였다. 초대 의숙장에 박능일이 취임하였고, 교과목은 국어·산술·영어·성경·수신 등이었다.
1909년 5월 수업연한 4년의 합일보통학교로 개편하였고, 1924년 4월 강화합일보통학교로 교명을 변경하면서 수업연한을 6년으로 연장하였다. 1935년 12월 재단법인의 설립인가를 받았으며, 1937년 6월 강화합일여학교를 병합하였다. 1938년 강화합일심상소학교, 1941년 합일국민학교로 교명을 변경하였고, 1984년 2월 공립으로 전환하였다.
1987년 3월 유치원 1학급을 병설하고, 같은 해 12월 6개 교실로 구성된 현대식 교사를 신축하는 등 꾸준히 교사를 증축하여 1989년 2월까지 총 15개 교실을 갖추게 되었다. 1996년 합일초등학교로 교명을 개칭하였고, 2001년 개교 100주년 기념식을 개최하였다. 2005년 9월 도서관, 2006년 10월 체육관을 개관하였다.
교훈은 ‘큰 사람’이다. 인성이 바르고 생각을 새롭게 하는 사람 육성을 교육목표로 해서 체험 중심의 인성교육 강화, 교과수업 및 평가방법 개선, 다양한 과학행사 실시, 체육활동의 기회 확대 등에 역점을 두고 교육활동을 전개하고 있다. 인천광역시교육청 지정 문화유산 연구학교와 전통예술교육 중심학교를 운영하였고, 2007년 학교평가 최우수교에 선정되었다.
전교생이 리듬악기를 익혀 리듬합주 발표회를 갖고 있고, 매년 5월 31일 개교기념일에 실시하는 대운동회는 지역 축제로 자리하고 있다. 가을이면 학예 발표회와 국화 전시회를 열어 학부모는 물론 지역사회 주민들로부터 큰 호응을 얻고 있다. 그밖에 전통예술 한마당 ‘우리 것이 좋은 것이여’를 개최하고 있다.
2010년 현재 10학급에 총 227명의 학생이 재학하고 있다. 교직원은 29명이 재직하고 있고, 95회 졸업식을 거치면서 총 6,813명의 졸업생을 배출하였다.