관세(關稅)의 수세업무(收稅業務)를 담당하기 위해 각 개항장(開港場)에 창설했던 해관(海關)의 제반사무를 관장하였다.
해관은 1876년(고종 13) 개항 이후, 일본과 체결된 불평등조약에 의거한 무관세무역(無關稅貿易)을 시정하고 관세 자주권을 회복하기 위해 1883년에 창설되었다. 세무사는 각 해관의 실권을 장악하고 있었다.
해관 설립 당시의 관리기구를 보면, 중앙의 관세행정기관으로서 통리교섭통상사무아문(統理交涉通商事務衙門)과 총세무사(總稅務司)가 있었다. 지방의 관세행정기관으로서는 각 개항장에 감리(監理)와 세무사가 있었다.
해관의 관리체계는 통리교섭통상사무아문에서 총세무사를 통해 간접적으로 각 해관의 세무사를 지휘 명령하든지, 통리교섭통상사무아문에서 각 항의 감리에게 직접 명령하는 이중구조를 이루고 있었다.
그러나 당시는 실권이 총세무사에게 집중되어 있었기 때문에, 해관의 실제 사무는 한국인 감리가 아닌 외국인 세무사들에 의해 운영되었다. 여기에서 중요한 것은 총세무사를 비롯해 세무사 및 해관원들이 모두 외국인이었다는 사실이다.
이후 한국인 해관원의 비중이 증가되기는 하였으나(1902년 당시 총해관원 89명 중 29명이 한국인), 이러한 구조 자체는 기본적으로 시정되지 못해 해관은 내내 외국인이 장악하고 있었다.
다만, 1895년 이후에는 해관의 세무사 및 총세무사가 탁지부(度支部) 관할에 속하게 되어 관제상의 변화가 있었다. 그러나 이때도 실제로는 해관은 독립관청으로서의 성격이 강하였다.
해관의 세무사는 실제적으로 총세무사의 지휘와 감독 아래에서 업무를 수행하였다. 그런데 형식상으로는 각 항에 파견된 감리가 해관을 감독하고, 각 해관의 세무사는 감리를 보필한다고 규정되어 있었다. 그러나 실제에 있어서 세무사와 감리의 관계는 종적인 관계라기보다는 횡적인 관계였다.
1894년까지 해관은 청나라 해관에서 파견된 총세무사와 그 휘하의 세무사에 의해 운영, 관리되었다. 그 뒤 점차 일본에 의해서 장악되었다.
창설 당시 각 해관에는 세무사를 두고, 그 밑에 방판(幇辦)·험화(驗貨)·영자수(鈴字手)·지박소(指泊所)·이선청(理船廳)·기기사(機器司)·통역(通譯)·서기(書記) 등을 두었다.
이들 각 해관원들이 관세 및 통세에 대한 회계·서무·통계·보고 등의 기록 사무, 화물의 검사 및 감정 업무, 선박의 임검(臨檢) 및 감시 등의 업무, 그리고 선박의 화물의 감시 업무 등을 담당하였다. 이후 관직체계나 관직명이 다소 변화하고 있으나 업무의 내용은 기본적으로 같았다.