교육목표는 해군 고급장교에게 지휘관 및 참모직책을 효과적으로 수행할 수 있는 능력을 향상시키기 위하여 해군작전에 적용될 수 있는 전쟁원리와 국제관계 및 군수관리 등 해군 전반에 관한 전문적인 군사지식을 습득, 연구하게 함과 아울러 해군전술·전략에 관한 교리를 연구, 발전시키는 데 있다.
교육방침으로는 ① 2급 함장, 전대급(또는 대대장) 이상의 지휘관에게 참모업무 수행능력을 부여하고, ② 고급사령부 근무에 필요한 능력과 군사기획관리 능력을 부여하며, ③ 연합 및 합동작전과 전략지식을 부여하는 것 등이다.
해군의 고급지휘관과 참모교육기관의 필요성이 제기됨에 따라 1955년 3월 해군대학설치준비위원회를 설치하고 해군대학 설립에 필요한 제반 업무에 착수하였다. 그리하여 1955년 3월 25일 국방부 일반 명령에 의거, 진해 해군통제부 내에 해군대학이 설치되고, 그 해 7월 1일 제1기생이 입교하였다. 그러나 교사를 비롯한 교육시설의 부족으로 교육대상 장교들을 모두 수용할 수 없었으므로 일부 장교들에 대해서는 통신강좌를 통하여 교육을 실시하였다.
최초 교육은 지휘참모과와 후방과(後方科)의 2개 과정으로 구분하여, 지휘참모과정은 중령급 이상의 고급장교에게 지휘와 참모 업무에 관한 사항을 수학하게 하였다. 후방과정에서는 경리장교들에게 필요한 교육을 실시하였으나, 후방과는 1956년 8월 4기생을 마지막으로 교육이 중단되었다. 그리고 1957년부터는 중령급 이상의 타군장교에게도 이 대학의 문호를 개방하여 3군의 상호이해와 유대강화에 도움이 되게 하였다.
그 뒤 해군병력의 증강으로 교육대상 인원이 증가함에 따라, 여러 차례에 걸친 교과과정의 개선과 기구개편을 통하여 해군 최고학부로서의 면모를 갖추어 나갔다. 그러던 중 1973년 10월 10일 해병대가 해군에 통폐합됨에 따라 상륙병과 (구 해병대) 장교에 대한 교육을 위하여 1975년 8월 4일 해군대학 지휘참모 정규과정에 상륙반이 신설되었다.
한편, 해군대학은 한국 군사교육기관으로서는 최초로 전쟁연습을 실시해 왔으며, 1976년에는 컴퓨터를 도입, 전쟁연습을 실시함으로써 교육의 과학화에 선도적 구실을 하였다. 그 뒤 해군대학은 교육환경을 개선하기 위하여 1977년 7월 18일에 경상남도 진해시 충무동(지금의 창원시 진해구 충무동)으로 이전하였다.
1980년 1월에는 과거 함대 산하의 상륙전 훈련대에서 실시하던 상륙전 고등군사반교육을 이 대학에서 실시하게 되었다. 이어 1984년에는 본연의 임무와 교육의 내실화를 기하기 위하여 상륙전 고등군사반교육을 해군교육단 병과학교에 이관하고, 이 대학에서는 정규과정과 지휘참모과정 2개 과정만을 운용하게 되었다.
정규과정은 다시 해상반과 상륙반으로 구분되고 교육기간은 1년이며, 지휘참모과정은 6개월로 되어 있었다. 그러나 이 2개 과정은 인력운영상 교육기간이 다를 뿐 교육내용은 기본적으로 동일하였다. 1994년 해병대사령부가 재창설됨으로써 상륙병과 교육이 이관되었다.
1995년 12월에 해군대학이 대전광역시 유성구로 이전하였으며, 2011년 12월 해군대학이 합동군사대학교에 통합되었다.