해양경찰청의 전신이다. 1953년 12월에 인접해양주권선내의 해양경비를 담당하기 위하여 내무부 치안국 경비과에 배치된 경찰관으로써 해양경찰대를 편성한 것이 시초이며, 1962년 5월 해양경찰대 직제가 제정되었다. 해상경비, 해난구조, 해양오염에 대한 감시 및 방재업무 등 해상에 있어서의 경찰에 관한 사무를 관장하였다.
당초 해양경찰업무는 내무부장관 소속하에 설치되어 해양경찰대의 본부에는 치안감인 대장과 관리부·경비부·해양오염관리관 등의 부서가 있었다. 산하에는 부산지구·인천지구 등 10여 지역을 관할하는 지구해양경찰대와 필요에 따라 둘 수 있는 지대 등이 있었다.
관장업무의 특수성 때문에 경찰공무원뿐만 아니라 기술계의 일반직공무원들도 많이 배치되어 있었다. 해양경비업무는 해난구조, 해상상황의 파악·유지, 해상치안정보 및 대공정보의 수집·활용, 해상범죄수사 등이었다.
해양오염관리업무로서는 해양오염방지를 위한 감시·단속 및 홍보, 선박·해양시설 및 폐유처리사업장 등에 대한 출입검사, 해양환경감시원의 임용과 지도, 기름 및 폐기물의 방제에 대한 조처, 해양오염분쟁 조정에 관한 사항, 해양오염방재에 관한 시험·연구·감식 및 분석 등이었다.
그 뒤 1996년 8월 해양경찰대는 해양수산부 소속의 해양경찰청으로 개편되었다. 개편당시 해양경찰청장은 치안정감으로 보하였다가 2005년 7월부터 치안총감으로 격상하였고 차장을 치안정감으로 보하였다. 2018년 현재 해양경찰청장 소속으로 해양경찰교육원 및 중앙해양특수구조단을 두고 있으며 본청에는 경비국·구조안전국·수사정보국·해양오염방제국 및 장비기술국 등의 하부조직이 있다. 5개의 지방해양경찰청(중부·서해·남해·동해·제주) 산하에 총 19개의 해양경찰서가 있다.