1939년 4월에 공립면업전수학교로 설립되었다. 1930년대 말 면직업에 대한 수요가 급증하자 그 수요를 충족시키고 나아가 면직산업의 발달을 꾀하기 위하여 원예작물 재배의 최적지인 이곳에서 면업재배에 관한 기술을 주로 가르쳤다.
그 뒤 광복과 함께 나주원예중학교로 발족하였다가 1961년 8월 호남원예고등학교로 개편되어 농업계고등학교로서의 면모를 갖추게 되었다.
2010년 3월 현재 남녀공학으로 12학급에 재학생 275명, 교원 41명이 있다.
교훈은 ‘오늘도 성실하게’이고, 교육목표는 ‘지ㆍ덕ㆍ체를 겸비한 유능한 영농인 육성’에 두고 있으며, 원예작물 재배의 기술인력을 양성함으로써 원예분야의 기술혁신과 더불어 소득향상에 크게 기여하고 있다.
특히 1986년부터는 문교부로부터 자립체제운영학교로 지정받아 1988학년도 운영실적 심사결과 전국농업계고등학교 자립체제운영학교 중 우수학교로 평가되어 표창을 받은 바 있다. 전교생을 대상으로 원예종묘 2급기능사 및 조경기능사 등 1인 1자격 취득에 역점을 두고 있다.
특별활동으로는 채소포ㆍ화훼포ㆍ과수포ㆍ분재초ㆍ조경수포 등 6개 포잠을 취미와 적성에 맞추어 학습하고 연구할 수 있도록 상설 운영하고 있다. 또한, 매년 가을에는 추수감사제를 다채롭게 전개하고 있으며, 학교실내수영장을 연중 개방하고 있다.
학생들의 영농의지를 심화하고 희망과 의욕을 고취시키기 위하여 각 학급별 또는 학년별로 선진지 농잠견학을 실시하고 있으며, 현재 농어가 자녀에 대한 학비보조와 생산환원 장학금 등으로 대부분의 학생들에게 장학금을 지급하고 있다. 2009년 2월 현재 60회 졸업으로 총 4,889명의 졸업생이 배출되었다.