1998년 6월속초 동남방 해상에서 꽁치잡이 어선 선장이 북한 잠수정을 발견하고 휴대폰으로 신고함으로써 침투사실이 발견되었다. 6월 25일 선체를 예인하여 합동 조사한 결과 잠수정 내부에서 자폭한 시체 9구와 기관총, 수류탄 등 다수의 무기와 장비를 노획하였다.
1998년 6월 22일 16시 20분경속초 선적 동일호 선장 김인용(38세)은 속초 동남방 11.5마일 해상에서 꽁치잡이를 하고 있던 중 어망과 약 20m 떨어진 해상에서 잠수정을 목격하고 속초 어업무선국에 신고하였다. 동일호는 잠수정 쪽으로 접근하여 계속 쫒아갔으며, 약 15분 후 잠수정이 정선하고 1m정도 부상하여 3명이 탑에서 나와 어망제거작업을 하다가 신고자를 발견한 후 함정내로 들어갔다. 잠수정이 잠수하고 얼마 후 다시 부상하여 북동쪽으로 1.5마일 항해하다가 선미가 기울면서 정선하였다.
1998년 6월 22일 16시 40분속초 어업무선국으로부터 상황을 접수한 제1함대사령부는 대잠 경계태세 1급을 발령하여 대잠헬기 및 고속정 등 함정 10척을 출동시켰다. 다음날 23일 4시경 8군단 지시로 해안선 정밀수색과 침투 흔적 확인 및 잠수 두건 발견지역 내륙 수색 및 해안 경계강화 등이 이어졌고, 잠수정 승조원 생사여부를 확인하였으나 반응이 없었다. 다음날 9시 15분경 잠수정을 재결박한 후 25일 5시 30분경 동해항으로 예인하였다. 중앙합신조는 잠수정과 내부에서 수거한 작전일지, 무기류, 통신장비 및 문건 등을 정밀 분석하였다.
잠수정 예인결과는 자폭한 안내, 승조원 9명, 잠수정 1척을 포함하여 다수의 무기와 장비를 노획하였으며, 침투일시는 1998년 6월 22일 0시 10분경으로 분석되었다. 작전일지에 6월 20일 18시 30분경 원산 앞바다에 위치한 황토도를 출발하여 22일 0시 3분경 임무수행 후 0시 38분경 해안을 이탈하였다는 내용이 기재되어 있었다. 침투경로는 북한 황토도·수원단·양양·수산리이며 소속은 노동당 작전부 313(원산)연락소였다.
북한 잠수정 내부에서 간성, 속초, 양양, 주문진, 강릉, 묵호, 삼척 일대 지도가 발견되고 작전일지에 현 위치 38도 11분(양양 수산리 일대) 등이 명기되어 있는 점을 통해 북한 잠수정 침투지역이 군사분계선이남 삼척 이북 해안 일대라는 것을 확인하였다. 이들의 임무는 배낭 속에 사용한 흔적인 있는 삽이 들어있고 노획품 중 드보크에서 수거할 수 있는 보고문, 선물 등이 없는 것으로 보아 공작원 호송 및 드보크 설치였다. 침투인원은 발견된 전투원 명단에서 9명으로 최종 확인되었다.