대한민국의 인사청문회는 제16대 국회가 2000년 6월 23일 인사청문특별위원회의 구성·운영과 인사청문회의 절차·운영 등에 관하여 필요한 사항을 규정한 법률인 「인사청문회법」(법률 6271호)을 제정함으로써 도입됐다. 이 제도는 국회의 입장에서 대통령의 인사권을 통제하는 역할을 하고, 인사권자인 정부의 입장에서는 인사권 행사를 신중하게 하는 데에 그 목적이 있다. 인사청문회에서는 공직에 지명된 사람이 자신이 맡을 공직을 수행해 나가는데 적합한 업무능력이나 인간적 자질이 있는지 없는지를 검증한다.
「인사청문회법」에 따라 김대중 정부 하인 2000년 6월 26일과 27일 이틀 간 헌정사상 최초로 이한동 국무총리의 인사청문회가 열렸다. 그 후 2002년 7월 31일 장상 총리지명자에 대한 인사청문회가 열렸고, 그 이후 2002년 8월 28일 장대환 총리지명자에 대한 인사청문회가 개최되었으나 두 번 모두 국회 인준을 얻는 데에 실패하였다. 그 뒤를 이어 김석수, 고건 총리지명자의 인사청문회가 있었다. 그 후 대법관 6인에 대한 임명동의안과 헌법재판소장 임명동의안 및 헌법재판소 재판관 2인에 대한 선출안의 심사를 위한 인사청문회가 개최되었다.
2003년 1월 노무현 대통령 후보자의 당선이 확정된 후에 열린 국회에서 국가정보원장, 검찰총장, 국세청장, 경찰청장을 인사청문 대상에 포함시키는 「인사청문회법」 개정안이 통과되었다. 이에 따라 대통령은 이들을 임명하려면 반드시 국회의 인사청문 절차를 거쳐야 하나 국회는 이들에 대해 청문회만 개최할 뿐 국무총리 후보와는 달리 임명동의안 표결의 의무는 없었으며, 내정자의 적격 여부에 대한 의견을 담은 보고서 제출의 의무는 부여되나 대통령이 이를 따를 의무는 없었다.
노무현 대통령 시절인 2005년 초 고위공직자들이 잇따라 추문으로 낙마하면서 사전 검증 절차를 강화하는 차원에서 인사청문회 대상 범위 확대가 국회에서 계속 논의되었다. 이에 「인사청문회법」이 2005년 7월 개정되어 2006년 2월 5일 헌정사상 처음으로 국무위원 내정자에 대한 인사청문회가 실시되었다. 장관들의 경우도 국회가 인준 절차를 진행하지는 않으며 보고서만 제출한다.
그런데 2008년 2월 이명박 정부 출범 이후 국회에서 열린 인사청문회에서 주로 야당의원들이 공직후보자들의 흠결을 공개하면서 여론을 의식해 자진사퇴하는 사람도 생겼고 대통령이 교체하는 경우도 있었다. 많은 의혹이 제기되었으므로 이전에는 국무총리의 낙마사유였던 위장전입은 대개 용인되고 대통령이 임명을 강행하는 등 인사검증에서의 도덕성 기준이 하향 조정되는 양상도 보였다.
흠집만 내려는 예절을 벗어난 수준 이하의 소모적·정략적 의도의 인사청문회는 여야간의 정쟁만 유발하고 임명권자에게 절대적인 영향력을 행사하지도 못하므로 필요 없다는 무용론이 일각에서 제기되었다. 이에 대해 공정하고 철저한 인사검증을 통해 흠결이 있는 인사는 모두 자진해서 물러나든가 임명권자가 지명을 철회하여 깨끗한 사람들이 공직후보자가 되어야 한다는 반론이 등장해 논란을 불러일으켰다. 대통령 중심제 하에서 대통령의 전횡(專橫)을 견제하는 국회의 인사청문회 제도가 정착되는 과정에서 발생한 논쟁이라고 평가할 수 있다.