첫째, 사회사업과 사회복지에 관련된 학문을 통합적으로 교육하여 인류복지에 정통한 전문지식인을 양성한다. 둘째, 인간애의 온상이요 사랑 실천의 산실인 음성 꽃동네를 비롯하여 각종 복지시설 현장에서의 체험적 교육을 바탕으로, 이론과 실천 능력을 겸비한 유능한 사회복지 전문인 배출에 중점을 둔다. 셋째, 해외봉사단 운영을 비롯한 국제교류 교육을 강화하여 변화하는 환경 속에 선두적인 국제적 사회복지 전문인을 양성한다.
1997년 5월음성 꽃동네와 천주교 청주교구 공동으로 가톨릭 신앙에 입각하여 믿음[信]·소망[望]·사랑[愛]을 기반으로 의지할 곳 없고 사회로부터 소외된 사람들을 돕는 인간생명 존중사상과 박애주의적 사상을 실현하고 인류복지를 구현하고자 창립이 기획되어, 1997년 7월 학교법인 꽃동네 현도학원의 인가를 받아 학교 설립이 추진되었다.
1998년 7월 교육부에 대학 설립인가를 신청하여, 1998년 11월 꽃동네현도사회복지대학교 설립인가를 받았는데, 사회복지학부 사회복지학전공, 복지심리학전공, 복지행정학전공에 모집인원은 120명이었다. 1999년 1월 사회복지학부 신입생 120명을 선발하여 개교하고, 오웅진 신부가 초대 총장에 취임하였다. 2006년 3월 간호학과 40명이 추가 신설되어 학생을 모집하였다.
2011년 7월 1일부로 꽃동네대학교로 교명이 변경되었으며, 2021년 5월 15일 가톨릭꽃동네대학교로 교명을 변경하였다. 현재 1개 대학원이 있고, 대학은 사회복지학부(사회복지학 전공, 복지심리학 전공, 복지행정학 전공)와 간호학과가 있다. 부속 기관으로는 대학교회, 도서관, 출판부, 대학학보사, 사회봉사센터, 학생생활상담연구소 등이 있고, 부속 교육기관으로 사회교육원을 두고 있다. 충청북도 청주시 서원구 현도면 상삼리 387번지에 위치하고 있다.