이서는 서울특별시 송파구 나라교회 담임목사를 지내던 중 함께 장애인들을 돌보던 김동식 목사가 납북되자 2001년 3월부터 탈북자와 피랍자의 인권을 위한 운동단체인 ‘피랍·탈북자 인권과 구명을 위한 시민연대’ 대표를 맡으면서 탈북자 인권운동에 투신했다.
이서는 2002년 4월 중국 주재 스페인 대사관을 통해 탈북자 25명을 기획 망명시키는 등 탈북자 망명과정에 깊숙이 개입했다. 이서는 “중국정부의 탈북자 강제송환과 그로 인해 노예처럼 끌려 다니는 탈북자들의 비참한 상황을 그냥 두고 볼 수 없다.”며 “탈북자들을 궁지에서 탈출시키고 그들의 실상을 세계에 알리는 방법은 이 길밖에 없다.”고 말했다. 또한 그는 국내에 들어온 탈북 청소년들이 체계적인 교육을 받을 수 있는 대안학교 설립을 추진하기도 했다. 2001년부터는 단군상 철거운동을 벌이기도 했다. 이서는 보수적인 교단으로 간주되는 고신교단에 몸담고 있으면서도 탈북자 인권이라는 진보적 문제에 헌신했기에 진보를 포섭하는 보수주의자라는 평가를 받았다.