2006년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 조선시대의 목조 아미타삼존불좌상으로, 용문사 대웅전 안의 건양2년영산회상탱(靈山會上幀, 1897년) 앞 불단 위에 봉안되어 있다.
구품인(九品印)의 본존 아미타불좌상은 정상계주와 중간계주를 두고 있으며, 나발은 높고 큰 편이다. 전체적인 비례에 비해 이마가 매우 넓은 편이어서, 안면이 길어 보인다. 상대적으로 이목구비는 앞부분에 몰려 있는 느낌이 든다. 얼굴 윤곽은 방형에 가깝고, 안면부는 코와 입 주변을 제외하고는 양감이 절제되어 있다. 목에는 삼도(三道)를 둘렀다.
착의는 양 어깨를 덮은 상의 위에 대의(大衣)를 두르고, 내의(內衣)를 착용한 형식이다. 목 부근에서 상의와 대의의 옷깃을 반전시키고, 왼팔 상완(上腕)을 두르고 있는 대의 끝단은 부채꼴 모양으로 흘러내리면서 길죽한 Ω형 옷주름을 형성하여 자연스러움을 나타내고 있다. 상의의 옷깃 사이로는 거의 평판적으로 묘사된 부처의 가슴이 드러나 있고, 그 아래로는 내의가 표현되었는데, 매듭표현 없이 몇 개의 굵은 주름으로 간략하게 표현되었다. 그 아래로는 대의와 상의가 맞물려 있으며, 옷자락은 굵고 깊게 표현되었다. 결가부좌한 둥그스름한 하체는 굵고 간략한 옷주름으로 덮여 있다.
양 협시보살좌상은 아미타불과 기본적으로 같은 착의법을 보이고 있으나, 보주화염문과 공작이 조각되어 있는 보관을 착용했다는 점과 옷주름이 더 굵고 대담하게 표현되었다는 차이점이 있다. 또 안면부의 이목구비도 아미타불에 비해 옆으로 퍼지면서 턱 부분이 더 동그랗게 처리되어, 같은 유파의 다른 작가의 작품으로 추정해 볼 수 있겠다. 두 보살 모두 구품인을 결하고 있으며, 우협시의 경우는 연화 가지를 들고 있다. 삼존불 모두 바닥에 복장공이 마련되어 있으나, 대부분의 복장물은 도난당하고 일부 경전 · 다라니 등이 내부의 목, 팔, 다리 부근에 끼워져 있다.
본존불상은 17세기에 활약했던 조각승 현진(玄眞)의 작품인 법주사(法住寺) 대웅전의 소조 삼신불좌상(三身佛坐像, 1626년)이나 부여 무량사(無量寺)의 소조 아미타삼존불좌상(1633년)과 양식적으로 유사한 특징을 지니고 있다. 또한 그의 1610년을 전후한 초기작인 함양 상련대(上蓮臺) 원통보전의 목조관음보살좌상(1612년), 구례 천은사(泉隱寺)의 목조 관음 · 세지보살좌상(1614년)과 유사한 점이 많아, 현진의 작품으로 추정된다.
이 용문사 삼존불좌상은 17세기의 대표적 조각승인 현진의 초기작으로 추정되는 만큼, 당시의 조각양식 발전과정을 살펴볼 수 있는 귀중한 작품이라 하겠다.