2006년 경기도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 용인시와 수원시 경계에 위치한 화운사에는 대웅전과 선원(禪院)에 각각 목불 좌상(아미타불, 약사불)이 본존불(本尊佛)로 봉안되어 있다. 이 두 불상은 화운사 중창주가 1960년대에 금산사에서 옮겨온 것이라고 한다.
아미타여래좌상의 아랫부분에 ‘서방불(西方佛)’이라고 쓰여 있는 먹글씨로 보아 이 불상이 아미타불임을 알 수 있다. 무릎 너비가 다소 짧지만 체구는 전체적으로 안정감 있는 구도를 보여주고 있으며, 당당한 형태를 나타내고 있다. 정상에는 정상계주(頂上髻珠)가 나무로 표현되어 있으며, 중간에는 반달형의 중앙계주가 나타나 있는데, 모두 도금을 하여 나발(螺髮)과 뚜렷이 구별되고 있다. 나발은 촘촘하게 새겨져 머리 윤곽이 둥근 복발(覆鉢)형을 이루고 있다.
얼굴은 둥글면서도 팽만감이 있는데, 이마는 넓고 폭이 좁은 편이며, 코가 눈썹 사이에서 갑자기 돌출하여 17세기 중엽을 전후로 한 불상의 특징을 잘 보여주고 있다. 눈썹선이 돌출하였지만 눈은 반쯤 뜨고 있고, 입은 뚜렷한 인중과 짝을 이루고 있다. 귀는 유난히 길고 큼직하여 얼굴을 보다 커 보이게 한다. 목은 굵고 짧으며 삼도가 뚜렷하다.
통견(通肩)의 대의(大衣)를 입고 있는데 양 어깨로 내려진 대의 자락 가운데 오른쪽 자락이 U자를 이루면서 오른쪽 손목에 걸쳐져 있다. 내의인 승각기는 상단이 평행으로 되어 있고, 매듭 없는 띠, 무늬 없는 깃 등의 표현이 특징적이다.
약사여래좌상은 밑바닥 복장문 옆에 ‘동방불(東方佛)’이라 쓰여 있는 먹글씨가 있어 이 불상이 약사불임을 알 수 있다. 머리는 아미타불처럼 복발형인데, 정상에 정상계주가 뾰족하게 솟아 있고, 중앙에는 반달형의 중앙계주가 표현되어 있으며, 머리칼은 나발이 촘촘하게 나타나 있다.
얼굴은 둥근 편인데 양감은 아미타불보다 약하여 턱이 약간 수척해 보인다. 코가 돌출하고 눈썹선이 강해 머리 모양과 함께 아미타불과 유사한 특징을 보여주고 있다. 상체는 아미타불과 유사하지만 약간 긴 모양이다. 수인 역시 동일하지만, 왼손을 올리고 오른손을 내린 정반대의 모습이다.
결가부좌한 다리는 유사하나 신체에 비해서 약간 넓은 형태이고, 무릎 표현도 아미타불과 비슷한 편이다. 착의법이나 옷주름선 또한 서로 유사하지만 손이 좌우로 바뀐 모양이어서 여기에 알맞은 의문선이 표현되어 있다.
아미타여래좌상과 약사여래좌상이 동일한 도상적 특징을 나타내고 있어 같은 조각장에 의하여 조성된 것으로 여겨진다. 두 불상 모두 조선 전기 양식에서 진전된 조선 중기 양식의 특징을 보여주고 있어 복장조성기에서 언급된 1628년 작으로 편년할 수 있겠다.