자유무역협정에 참가한 가맹국 상호 간에는 상품이동에 대한 무역제한 조치를 철폐하여 협정 가맹국내에서 자유무역을 보장하는 한편 비가맹국에 대해서는 각국이 독자적으로 관세를 부과한다. 자유무역협정의 가맹국내에서 관세가 낮은 저관세 부과국으로 수입된 상품이 다른 고관세 부과국으로 재수출되는 경우가 있다. 이 경우 고관세국의 관세정책에는 많은 혼란이 일어나게 된다. 이러한 관세정책상의 혼란을 방지하기 위해 자유무역협정에서 원산지 규정과 같은 공동의 시장운영규칙을 필요로 하게 된다.
자유무역협정은 동맹국 상호 간의 내부결속성과 비동맹국에 대한 차별의 정도에 따라 그 형태가 다르게 나타날 수 있다. 예를 들어 19세기 독일의 관세동맹에서는 독일 내 연방 간 관세철폐와 시장통합이 주된 목적이었으나 2차 세계대전 이후에는 동서냉전체제 하에서 이념적 대립수단이기도 했다. 그리고 1960년대 이후 지역주의의 확산과정에서는 개발도상국 상호간의 공업화 전략으로서 자유무역협정이 사용되기도 하였다. 그러나 1990년대 이후 신지역주의 시대에서는 냉전이 종식되고 세계화가 진행되면서 이념이나 경제발전의 격차에 상관없이 범세계적 경쟁에 대응하기 위한 전략적 제휴를 목적으로 국제간 자유무역협정이 추진되고 있다. 자유무역협정의 대표적인 사례로서는 유럽자유무역지역(EFTA)과 북미자유무역지역(NAFTA) 등이 있다.
자유무역협정을 통해 형성되는 자유무역연합은 관찰하는 시각에 따라 그 개념이 서로 다르게 표현되는데 자유무역연합을 사회, 경제적 이상실현의 과정으로 보는 정치경제학적 시각이 있다. 한편, 자유무역연합을 국제적 경제거래 구조의 변화현상으로 파악하거나 또는 제2차 세계대전 이후에는 보다 현실적으로 지리적으로 인접한 국가 간의 상호간 자유무역의 확대를 목적으로 국제적 경제연합으로 보는 시각도 있다. 이러한 현실적 시각의 자유무역연합을 지역적 경제통합(regional economic integration)으로 불리운다. 한편 최근에는 지리적으로 인접한 국가 간 통합뿐 아니라 인접국내의 특정지역만을 통합하는 국지적 통합이나, 운송, 통신기술의 발달로 세계전체가 하나의 시장권으로 통합되는 세계적 통합이 동시에 일어나고 있다.
자유무역협정은 동맹국간에 관세 기타 무역장벽을 제거함으로서 보다 넓은 시장에서 자유무역의 이익을 추구하고자 하는 국제적 시장확대 조치라 할 수 있다. 이러한 자유무역협정의 경제적 의의는 일국의 경제보다는 보다 여러 국가 간의 경제 혹은 세계전체의 무역자유화가 세계후생을 극대화시킬 수 있다는 데 있다. 하지만 세계전체의 완전한 무역자유화는 정치 · 사회 · 문화 · 경제적 요인으로 인해 실현하기 어렵고 현실적으로 그것이 실현된 적도 없다. 현실경제에서는 국가별 보호정책으로 인해서 세계시장이 국가별로 분할되어 있는 것이 일반적인 현상이다. 이러한 현실경제에서 자유무역협정은 시장규모의 확대를 통한 경제적 이익과 자유무역의 이익을 동시에 추구함으로서 경제적 이상주의에 접근하는 차선적 수단(second best)으로 평가받고 있다. 그러나 자유무역협정은 비동맹국에 대한 무역상 차별조치를 수반함으로서 세계전체의 입장에서는 차별에 의한 경제적 손실이 발생하게 된다. 그러나 자유무역협정으로 인한 경제적 이익이 무역상 차별조치로 인한 손실을 보상하고 남음이 있다면 자유무역협정이 세계전체의 후생을 증대시키는 역할을 할 수 있다.
현실적으로 지역적으로 자유무역협정에 대한 선호가 높아지는 이유는 비동맹국에 대한 무역상의 손실이 일반적으로 여러 다수의 비동맹국에 분산되어 나타나는 반면에, 자유무역협정의 경제적 이익은 동맹국들에게 집중되어 나타나기 때문이다. 즉 손실은 분산되어 작게 느껴지고 이익은 소수 당사국에 집중되면서 크게 느껴지기 때문이다. 그리고 규범적인 측면에서 볼 때 자유무역협정은 국경의 제거로 인한 민족주의의 후퇴현상이라기보다는 오히려 이익공동체의 경제영역을 확대함으로써 자유무역협정을 맺고 있는 연합체 전체의 후생이 증진된다는 적극적인 정책수단으로 평가받고 있기 때문에 자유무역협정에 대한 현실적인 유인은 큰 것이라고 할 수 있다. 그리고 자유무역협정은 개방적 지역주의를 통하여 범세계적인 무역자유화에 도달하는 중간단계의 역할을 할 수 있다는 점에서 의의가 크다고 할 수 있다.
자유무역협정이 순조롭게 이루어지기 위해서는 몇 가지 가맹국 별로 충족되어야 하는 시장조건이 필요하다. 먼저 개별 국가가 공동의 목표를 가진 하나의 자유무역지역으로 통합되기 위해서는 각국의 정치 · 경제적 정책목표가 상호 수렴될 수 있어야 한다. 개별 주체 혹은 개별 국가는 각기 독자적인 정책목표를 가지고 있으므로 초기 협정단계에서 이들 정책목표가 서로 양립될 수 있도록 조정이 필요하다. 그 다음 단계에서는 각 국가 간 상호작용이 유발되어 개별 정책목표는 점차 하나의 공동목표에 접근할 수 있는 수렴성을 가져야 한다. 둘째, 자유무역협정의 효과가 극대화되기 위해서는 참여 가맹국들의 경제구조가 유사하거나 잠재적으로 보완적이어야 한다. 무역자유화를 통한 시장확대를 주요 목적으로 하는 자유무역협정에서는 경쟁촉진으로 인한 기술적 이익이 강조되면서 가맹국들의 경제구조와 발전단계가 서로 유사한 수준에 도달해 있어야 한다. 그러나 경쟁의 원리만 강조하는 경우 경쟁에서 도태된 국가는 자유무역협정으로 인한 이익을 확보 할 수 없게 된다. 따라서 자유무역협정에 의해 시장이 확대되는 경우에 경쟁력이 약한 국가는 다른 산업 분야에서 새로운 비교우위를 개발할 수 있어야 하며, 이를 위해 자유무역협정의 가맹대상국간의 경제구조가 잠재적으로 보완적이어야 한다.
한편, 시장확대보다는 개발이익을 추구하거나 생산의 국제적 연계를 통한 경쟁력 강화를 목적으로 하는 경우에는 경제구조의 유사성 보다는 보완성이 더욱 중요한 조건으로 작용할 것이다. 보완적 자유무역협정은 경제발전단계가 다르고 요소부존도가 서로 상이한 국가 간에 추진될 수 있는 형태로서 1990년대 이후 신지역주의와 더불어 이러한 경제적 보완성이 강조되고 있다.
자유무역협정이 성립되기 위한 세 번째 조건은 협정으로 인한 정치 · 경제 · 사회적 이익이 충분히 예상될 수 있을 때 실현이 가능하다. 아프리카의 수많은 자유무역협정에서도 보듯이 다른 여건이 충족되더라도 협정 이후 경제적 이익이 생겨나지 못하면 자유무역협정의 유지와 발전은 기대할 수 없다. 자유무역협정의 기대이익으로는 우선 시장확대로 인한 대량생산, 규모의 경제 및 경쟁촉진으로 인한 기술혁신을 들 수 있다. 저개발국간 자유무역협정에서는 공업화 전략 수행의 효율성, 대외 경쟁력 제고, 집단적 보호주의 실현 등이 있다.
마지막으로 자유무역협정의 성립조건으로는 여러 가맹국가가 하나의 자유무역협정으로 공동체를 결성하기 때문에 종교 · 언어 · 생활양식 · 가치기준 등 사회문화적 공통성과 동질성이 필요하다. 이 조건은 자유무역협정의 가맹국 내에서 상호교류를 활발하게 하고 기능적으로 자유무역협정의 효율성을 높이는 요인이 된다. 문화적 동질성은 소비행태와 소비관습의 상호접근을 가능하게 하여 상호수요를 창출하고 산업 내 무역을 확대시키는 경제기반을 조성할 수 있다. 지리적 접근성은 가맹국간의 운송, 통신과 같은 거래비용을 절감하고 문화적 공통성을 공유할 수 있게 하는 요인이다.
우리나라를 포함하여 아시아 국가들은 1990년대까지만 해도 세계무역기구(WTO) 체제 하에서 다자간 무역체제를 강화하는 정책수단을 최우선 순위에 두고 지역적으로 자유무역협정에는 소극적이었다. 그러나 2000년대 이후 지금까지 우리나라 · 일본 · 중국 등이 중심이 되어서 아시아 국가들의 지역적 자유무역협정이 증가하면서 34개의 협정이 체결되었고 20개 이상의 협정이 진행 중이다. 우리나라를 포함하여 아시아 국가들의 자유무역협정은 아시아 지역 내의 자유무역협정보다는 아시아 이외의 국가들과의 협정이 더욱 활발하게 이루어지고 있다. 이는 아시아 지역 내의 국가들 간에는 경제구조와 수출구조가 유사하여 세계시장에서 경쟁하고 있기 때문인 것으로 보인다. 즉, 아시아 국가들은 같은 지역 국가의 자유무역협정을 통해 규모의 경제를 추구하기보다는 아시아 이외의 시장을 경쟁적으로 확보해 두려는 의도를 더욱 강하게 가지고 있다는 것으로 판단된다.
우리나라의 자유무역협정의 특징 중 하나는 시장개방의 범위, 깊이, 이행 기간에 있어서 세계무역기구가 권장하는 수준에 못 미치는 경우가 많다는 점이다. 민감한 품목들은 다수 예외로 빠진다거나 서비스 시장의 개방이 포함되지 않거나 관세의 완전한 철폐를 목표로 하지 않거나 이행 기간을 10년 훨씬 넘게 정하는 경우가 많다는 점이다. 문제는 이러한 느슨한 형태의 자유무역협정은 대외 협상력에서도 뒤떨어지기 때문에 다른 지역 국가들에게 크게 위협이 되지 못한다.
우리나라는 2004년 4월 1일 칠레를 시작으로 2006년 3월 2일에 싱가포르, 같은 해 9월 1일에 유럽자유무역연합(EFTA), 2008년 11월에는 동남아시아국가연합(ASEAN)과 자유무역협정을 발효시켰으며, 2007년 4월에는 미국과 일부 분야에 한정하여 자유무역협정을 체결하여 발효시켰다. 한편 2007년 5월에는 유럽연합(EU)과 자유무역협정에 대한 협상을 시작하였으며, 현재 캐나다 · 중국 · 일본 · 인도 등과 자유무역협정에 대한 협상을 추진 중에 있다.
처음에는 왜 칠레와 자유무역협정을 체결했는지에 대한 명확한 설명도 없었는데 이는 정부가 자유무역협정의 추진에 대한 체계적인 절차와 사전 연구를 마련하지 못했기 때문으로 보인다. 다만 지역주의에 대한 방어적인 대응을 하는 차원이었고 멕시코가 북미자유무역협정(NAFTA)에 가입하면서 남미시장으로 교두보를 확보해야 한다는 생각으로 칠레를 매력적인 자유무역협정 대상국으로 생각했던 것 같다. 특히 경제 및 교역규모가 상대적으로 크지 않고 우리에게 민감한 농산물 수출이 비교적 적다는 점이 고려되었던 것으로 보인다. 물론 칠레도 한국과의 자유무역협정이 아시아 시장의 교두보를 마련하는 전기로서 활용했을 것이다.
싱가포르와의 자유무역협정은 싱가포르가 국제적인 비즈니스 거점일 뿐만 아니라 동남아시아 비즈니스 허브라는 점이 중요하게 작용한 것 같다. 우리나라와 유럽자유무역지역 (EFTA), 유럽연합(EU) 등과의 자유무역협정은 유럽시장으로 진출가능성을 제고하기 위해 시작하였고 동남아시아국가연합과의 협정은 동남아시아권 국가들이 한국의 5대 교역국이며, 미래 잠재성장 시장으로 고려되어 시작된 것 같다.
우리나라와 지리적으로 인근에 있는 일본과의 자유무역협정은 현재는 중단된 상태이지만 추진 역사는 1998년으로 거슬러 올라간다. 한국은 일본과 자유무역협정을 통해 우리 부품산업과 중소기업의 국제경쟁력을 강화시키고 우리 공산품과 농산품의 일본 수출을 증가시키려고 하였다. 일본은 경제적인 이익보다는 동북아시아 지역에서 중국을 견제하고 지역적 안정을 도모하기 위해 한국과 자유무역협정을 꾀한 것으로 보인다. 하지만 협상 개시 후 1년 동안 6차례에 걸쳐 협상이 진행되었으나 농산물 개방에 대한 일본의 소극적인 입장 때문에 협상이 결렬되었다고 한국정부는 주장하고 있으나 이해하기 어려운 측면이 있다.
우리나라와 미국과의 자유무역지역협정은 세계화시대에서 우리나라가 선진국으로 도약하기 위해 필요한 국가발전 전략의 일환으로 채택하였을 가능성이 크다. 즉 미국의 거대한 시장을 확보하고 우리나라의 지식기반 산업을 확충하며 서비스 산업의 국제경쟁력을 제고시킴으로서 우리 경제를 선진국 수준으로 한 단계 끌어올린다는 취지에서 추진된 것이다. 또 다른 한편 우리나라는 중국과 일본 경제의 성장에 따라 이들 두 국가에 대한 경제적 의존도가 커지면서 오히려 자족적인 발전이 어려울 수 있다. 따라서 미국과의 자유무역협정을 통해 대외통상정책의 차원에서 다변화를 꾀하는 것이 유리할 것이다. 미국의 입장에서도 최근 동아시아 지역에서 중국의 독주를 견제하기 위한 경제적 · 정치적 장치로써 우리나라와의 자유무역협정이 필요했던 것으로 해석된다.
과거 세계무역기구와 가트(GATT)체제 하에서 다자주의 원칙에 입각하여 여러 차례에 걸쳐 다자간 무역자유화 협상이 전개되어 왔다. 그러나 다자간 무역협상은 다수의 무역국이 동시에 참여하는데 따르는 협상의 비효율성과 무임승차 유인으로 무역자유화 협상의 성과가 충분하게 이루어지지 못했던 것이 지금까지의 경험이다. 그러나 세계전체가 소수의 자유무역협정으로 통합된 이후 이들 자유무역협정의 블록 간에 무역자유화 협상을 추진해 나간다면 협상의 효율성을 높일 수 있고 세계적 규모의 무역자유화에도 쉽게 다가설 수 있을 것이다. 또한 자유무역협정에서는 동맹국간 자유무역에 대한 무임승차가 용인되지 않는 만큼 다자간 무역협상에서 발생하는 무임승차 유인을 억제할 수 있는 장점이 있다. 이렇듯 자유무역협상을 통한 지역규모의 무역자유화는 세계전체의 무역자유화를 저해하기 보다는 그것에 접근하는 하나의 디딤돌 역할을 할 수 있다는 점에서 그 의의를 발견할 수 있다.
한국의 자유무역협정 추진에 대한 평가는 서로 엇갈리는 것으로 나타났다. 2004년에 제정된 자유무역협정 체결추진절차규정에 따르면 대외경제통상 장관회의에서 특정국가와의 자유무역협정을 승인 · 의결하려면 사전에 공청회를 열어서 국민들에게 자유무역협정 추진에 대한 의사를 알리고 국민의 의견을 수렴하게 되어 있다. 그러나 한미자유무역협정에 대한 공청회는 여러 반대 단체들에 의해 개최가 무산되었다. 이들은 우리나라와 미국 간 자유무역협정의 추진이 이미 양국 정부에 의해 진행되었으며 공청회는 요식적인 행위라면서 강력하게 반대하는 입장이었다. 정부의 자유무역협정 추진에 대한 또 다른 문제점은 자유무역협정 추진위원회의 협정으로 인한 경제적 타당성 검토이다. 자유무역협정이 우리나라와 상대국에게 미치는 효과를 여러 측면에서 검토하여 보고해야 하는데, 자유무역협정 추진위원회가 외교통상부 위주로 운영되다보니까 경제적 파급효과에 대한 검토가 포괄적으로 분석되지 못하고 정치 · 외교적 기준이 크게 작용되는 우려가 있다. 또한 2000년대 후반 들어서 우리나라의 동시다발적인 자유무역협정의 추진은 우리나라가 너무 해외시장의 확보에 치중하는 경향을 보이는 것이 아니냐는 비판이 있다. 해외시장의 확보를 목적으로 한 거대경제권과의 동시다발적인 자유무역협정 체결은 오히려 우리나라 경제에 크게 부담을 끼칠 수도 있다.