1949년 9월 5일 장천고등공민학교로 개교하였으며, 1951년 11월 6일에 인가를 받았다. 1952년 2월 23일 재단법인 옥야학원을 인가받았으며, 1967년 10월 5일에 옥야상업고등학교 설립을 인가받았다. 1984년 7월 11일 옥야종합고등학교로 교명을 변경하였으며, 1999년 3월 1일 옥야고등학교로 교명을 변경하였다. 2005년 6월 21일 일반계 고등학교로 전환하였으며, 2006년 3월 1일 창녕옥야고등학교로 교명을 변경하였다.
교훈은 ‘쾌활(快活), 자치(自治), 박애(博愛)’이며, 교목은 향나무, 교화는 국화이다. 2005년부터 경상남도교육청 자율학교로 지정되었다. 특색사업으로 우포늪 환경보호 운동 등 환경보전교육 활동을 추진하고 있다.
2010년 4월 현재 12학급으로 구성되어 있으며, 학생 335명, 교원 23명이다. 2010년 2월 제40회 졸업식을 하였고, 총 4,872명의 졸업생을 배출하였다.